「こんなことをして、何が正義だ！　答えろ、ユーゴ！！！」 かつて、この地には山のように巨大な獣たちが生きていた。その骸の周りは「マナ」に溢れ、そのマナを求めた人々が集まり、いくつかの国が生まれた。いつしか人々はマナの源たるその獣たちを「源獣」と崇め、共に暮らすようになった。これが源獣信仰の始まりである。 そして、時は流れ――。 源獣信仰を基盤とした国々によるユール連邦と、独自技術によって飛躍的に発展を遂げたジルドラ帝国の間で戦争が勃発。以後、戦争は激化を辿っていく。 連邦の若き騎士候補生レオはある任務のため、幼馴染で同じく候補生のセリア、教官のリゼットと共に、かつて帝国領だった国境付近の街、リュンヌを訪れる。 しかし、そこに現れたのは祖国を裏切り、帝国の兵士となった友、ユーゴだった――。

最強の魔王レオニスは、来たるべき決戦に備え自らの存在を封印した。だが、1000年の時を超えて目覚めたとき、彼はなんと10歳の少年の姿に戻っていた！「なんでだ!?」「君、どうしてここに閉じ込められていたの？　もう大丈夫よ。お姉さんが守ってあげる」。〈聖剣学院〉に所属する美少女リーセリアに保護されたレオニスは、変わり果てた世界に愕然。未知なる敵〈ヴォイド〉、〈第〇七戦術都市〉、武器の形をとる異能の力――〈聖剣〉。聞き慣れない言葉に戸惑いつつも、彼は〈聖剣学院〉に入学することに。魔術の失われた未来世界で、最強魔王と美少女たちの織りなす聖剣と魔剣の学園ソード・ファンタジーが幕を開ける！

七耀暦１２０５年。 ゼムリア大陸北西部に位置する最も貧しい地域であるノーザンブリア自治州で生まれ育った少女ラヴィ。彼女は故郷を守るため、そして、かつて英雄として崇められながらノーザンブリアを裏切った祖父・ヴラドと自身は違うのだと証明するため、大陸最大の猟兵団として名高い《北の猟兵》に志願し任務を遂行していた。 任務に没頭するあまり規律違反を繰り返すラヴィは、ある時、マーティ、イセリア、タリオンと小隊を組まされ無謀ともいえるエレボニア帝国への内偵任務を命じられる。 ノーザンブリアを脅かす未知の存在《帝国の英雄》の情報を掴むために−。