埠頭の水面が朝陽を受けて揺らぐころ―― 「パンッ」 目覚まし時計を勢いよく止める手。 乱雑に絡まった布団を蹴って、低く唸りながら伸びをする。 カーテンからこぼれる日が当たるのは、 机に置かれた“あの日”の集合写真。 「いってらっしゃい、お兄ちゃん」 送り出す声を背中に、ドタバタと家を飛び出していく。 立ち漕ぎの自転車から見上げた先には、青い初夏の夏―― 八神太一、17歳、高校生。 今、再び 冒険が進化する――

あの夏の日から３年。太一たち８人の“選ばれし子供たち”の活躍で平和を取り戻したデジタルワールドだったが、そこに‘デジモンカイザー’と名乗る少年が突然現われて混乱を巻き起こしていた。カイザーはデジモンの進化を抑制するダークタワーを各地に立て、デジモンたちを操ることができるイービルリングで支配地域を広げる。一方、お台場に引っ越してきたタケルは太一に良く似た雰囲気の少年・本宮大輔と出会う。そしてかつての仲間であるヒカリと再会した。だがそこへデジタルワールドからのＳＯＳが届き、３本の光がデジタルゲートを通って現実世界へとやって来る。その光は新しいデジヴァイスだった。それを手にした大輔、京、伊織は新たな“選ばれし子供たち”として選ばれたのだ。さらに新しい力を手に入れたタケルとヒカリを加えた５人は、デジタルワールドを征服しようとするカイザーから平和を取り戻すため戦うことを決意するのだった！