人類が宇宙惑星連合を設立した遠い未来――。GOTT(銀河通商関税機構)のESメンバー、エクレールとリュミエールは、惑星国家間に頻発する経済事件や犯罪を解決するエージェントである。特殊な能力を有する彼女たちは、通常の対応では解決しえない高度な事件を担当する。その過酷な特務の中、エクレールは自ら捨て去った｢過去｣と出会った。そしてこの銀河を支配する絶対的な｢存在｣を知ったとき、彼女が選んだ道は――!

エクレールとリュミエール、エクリプスの帰還により、アールヴの野望は潰えた。呪詛を叫びながら、閃光の中に消えたアールヴ。永遠の人生を歩まされる者の、哀しき末路であった。そして《方舟》――超大型宇宙戦艦デュカリオンの暴走。全ては｢母｣を救うために。｢男｣はその一生を掛けて、この大事件を演出しようとしていた。エクレールとリュミエール、そして全ESメンバーが、集う。ここに、最後の戦いが幕を開けようとしていた。

銀河を統べるノーヴルズの支配に反抗し、組織を脱したエクレールとリュミエールを、GOTT(銀河通商関税機構)のESメンバーが追撃する。かつての仲間との死闘の果て、ふたりは運命から逃げることを止め、反撃に転じた。ついにGOTTは瓦解し、エクリプスは表舞台から消える。新生GOTTの主となったのは、冷酷な女王に豹変したエクレールであった。しかし玉座に座る彼女を挑発するかのように、謎の少女が現れて……。

人間が住む｢人間界｣と神族が住む｢神界｣、そして魔族が住む｢魔界｣と3つの世界が突如つながり、人間界に｢魔法｣がもたらされてから10年・・・・・。土見稟は｢国立バーベナ学園｣に通う高校2年生。幼馴染みの芙蓉楓や悪友の緑葉樹らとともに楽しい学園生活を送っていた。そんなある日、稟のクラスに神族と魔族の美少女2人が転校してきたのだ!しかも彼女達はなんと・・・・・神王と魔王それぞれの王女様だった!?