都立ツツジ台高校。 放課後の教室で、響裕太は記憶の中にあるはずのグリッドマンをノートに何度も描いては消していた。 かつてこの世界はひとりの少女によって作られ、壊された。 その少女の心を救ったのは、異次元からやってきたハイパーエージェント・グリッドマンと、彼女が作った心を持った怪獣、そして裕太たちであった。 ２年生に進級し、六花と別のクラスになった裕太は告白を決意する。 そんな平和になった世界で過ごす彼らの日常は、轟音と共に崩れ始めた。 裕太に訪れる危機の最中、突如現れるグリッドマンは語りかける。 「この世界のバランスが崩れようとしている」 やがて真紅の強竜ダイナレックスや、グリッドマンの協力者である新世紀中学生、そして別世界の住人、麻中蓬たちも裕太の前に次々と現れる。 六花への想いを秘めたまま、裕太の非日常が始まった。

フジヨキ台高校一年生の麻中蓬はある日の帰り道、『怪獣使い』を名乗る謎の男ガウマと出会う。 突如現れる怪獣と巨大ロボット ダイナゼノン。 その場に居合わせた南夢芽・山中暦・飛鳥川ちせと共に怪獣との戦いに巻き込まれていく。

ツツジ台に住む高校1年生の響裕太は、ある日目覚めると記憶喪失になっていた。 そして裕太は古いパソコンに映る『ハイパーエージェント・グリッドマン』と出会う。 グリッドマンは使命を果たせと語りかけ、裕太はその言葉の意味と記憶を探し始める。 突然の事に戸惑いつつも、クラスメイトの内海将や宝多六花、新条アカネたちに 助けられながら毎日を送る裕太だった。が、 その平穏な日々は、突然現れた怪獣によって容易く踏みつぶされた――