忍者は今も日本に存在している。その数、およそ20万。 『ＮＩＮ（National Intelligence of NINJA）』と呼ばれる 忍者組織は国家によるシビリアンコントロールを受けず、 その精鋭達は極秘裏に暗殺や破壊活動に従事していた。 そして、『ＮＩＮ』と敵対するもうひとつの忍者組織、 『ＵＮ（アンダーニンジャ）』。 忍者と忍者――暗闘の果てに待ち受ける結末とは？