死者の街を出てから二年が経ち、ウィルは数えで17歳になっていた。 領主として「灯火の河港（トーチ・ポート）」を発展させ、徐々に「獣の森（ビースト・ウッズ）」には人々営みと笑顔が戻ってきた。 しかし、季節外れの花が咲き乱れ、森の異常が発覚する。この問題を解決するべく森の奥に向かったウィルたちは、森の王から不吉な予言を受ける。 「鉄錆の山脈に、“黒き災いの火”が起こる。火は燃え広がり、あるいは、この地の全てを焼きつくすであろう」 滅びしドワーフの都である「鉄錆山脈（てつさびさんみゃく）」に眠る災いとは…!? 新たな出会いと共に再びウィルたちの冒険が始まる！

未来での戦いも終わり中学3年生になったうさぎ達は、つかの間の平和な日々を取り戻していた。そんな折、予知夢を見る衛とレイ。不穏な気配が漂い始める。 東京湾の埋め立て地に立てられた新設の私立無限学園に通う生徒が、次々に怪物に襲われる先祖返り減少が起こる。早速うさぎ達は偵察を開始。私立無限学園は既に新たなる敵・デス・バスターズの支配下に…。 更に新たな二人のセーラー戦士が出現しとまどう、うさぎ達。 私立無限学園で出会った天才レーサー天王はるかに、ドキドキが止まらず惹かれていくうさぎ。 一方、ちびうさは無限学園創設者の娘、土萠ほたると知り合い、親しくなる。 やがて土萠ほたるの隠された秘密が明らかになっていく…。

ダーク・キングダムとの壮絶な戦いから二ヶ月が過ぎて、セーラー戦士たちは、ふつうの中学２年生の女の子として平和に生活していた。セーラームーンとしての記憶を失った月野うさぎも、大阪なるや海野たちとの楽しい学園生活を送っていた。しかし、ある日宇宙から飛来した隕石が、うさぎたちの運命を一変させることに…。ふたたび始まる過酷な戦いの日々。新たな敵の出現！そして、謎の少女、ちびうさや新たなセーラー戦士も現われる！ 魔界樹のエイルとアン、そしてブラックムーンと、今度の敵はダーク・キングダムよりも強い敵ばかり。しかし、ふたたび覚醒したセーラー戦士もさらにパワーアップして地球の平和を守るために戦う。そして、うさぎと地場衛の恋の行方も気になるところ。２人の恋をジャマする星十郞と夏美の銀河兄妹、さらに空から降ってきたうさぎそっくりな少女、ちびうさの正体は!?　さまざまな謎を秘めて、ますますパワーアップしたセーラームーンの新たな闘いが今始まる!! 大ヒットした『美少女戦士セーラームーン』の後を受けて、1933年の３月から放送開始した第二期シリーズ。前半の47話から59話までが「魔界樹編」、後半が「ブラックムーン編」の２部構成。とくに「ブラックムーン編」では、後にメインキャラクターとなるちびうさが初登場。さらにセーラープルートの登場は、５人以外のセーラー戦士の存在をはじめて明かして、その後のシリーズ化への大きな布石となった。