ダム建設時に偶然発見された謎の遺物・アーティファクトの研究を行うために設立された国際連合黒部研究所。 世界各国の頭脳が集う研究所員の子女が通う立山国際高校には、研究所長の娘、白羽由希奈も通っていた。 時は2016年、夏。ひとりのサムライが、ふたたび目を覚ます。