その日、僕は死刑を宣告された―――東京の異変から10年後―――疎開先の中学校に通う五十嵐丸太（ガンタ）は、クラスメイト達と平凡 な毎日を送っていた。だがある日、学校に「赤い男」が現れ、ガンタの運命は一変。無実の罪で"死刑"を宣告されたガンタは、日本唯一の 完全民営化刑務所「デッドマン・ワンダーランド」に収監されてしまう。