時は近未来。 世界中に突如、ブラックポイントと呼ばれる異次元と繋がる扉が出現。 通称［ゼクス］と呼ばれる異形の怪物たちが現れ、人類に侵攻を開始する。 そこからゼクスと人類の熾烈な戦いが始まった。 数年後、戦いは小康状態となり、地球上には束の間の平穏が訪れる。 そんな中、主人公・天王寺飛鳥は日本の神戸にて普通の高校生活を送っていたのだが、 ある時、街角で出会った不思議な少女から「カードデバイス」を受け取ると、 彼の運命は大きく変わり始める。