2050年。父の興したメーカー・リビルド社で、「自律機械DZ(ディジィ)」への開発貢献により、若くして名声を得た技術者デリダ・イヴェン（主人公）。 デリダは、あるとき同僚のネイサンと共に「DZ」の重大な欠陥に気付くが、忠告に耳を傾けない上司に腹を立て、危険と知りながら対策を先延ばしにし、ネイサンの愛娘・マージュの誕生日を祝うパーティへとむかう。 しかし、穏やかなひとときを過ごしたその翌日、 デリダとネイサンは謎の部隊に襲われる。 逃避行の末、冷凍睡眠装置に落ちたデリダが再び目を開けると、 10年の時間が過ぎ、見渡す世界は荒廃し戦争状態になっていた！ 制御を失った「DZ」の群れに襲われ、何もかもを諦めそうになったそのとき、デリダはネイサンの最期の言葉を思い出す。 「マージュを頼む」 己に降りかかった運命に戸惑いながらも、 マージュを探すため、デリダは歩き出す。

宝島でのブブキ使いたちとの戦いを潜り抜け、島の落下による未曽有の大被害をブランキ”王舞”で防いだ東たち。 戦いを繰り広げながらも共に島の落下を防いだ万流礼央子、そして四天王の生死は？海外ブブキ使いたちと、裏で暗躍する東の双子の妹・薫子の目的は？そして汀の行方は…？

新宿の雑踏を駆け抜ける少年、一希東（かずき あずま）。 10年ぶりに日本に戻ってきた東は、武装した男たちに追われて逃げるはめになってしまう。 男たちは、意思を持つ武器である「ブブキ」を捕獲することを目的とする「ブブキ警察」の警察官だった。 捕らえられ尋問を受ける東だったが、突然目の前の床が溶け落ちると、右手の形をした謎の物体が姿を現す。 「右手ちゃん」と呼ばれるそのブブキは、不思議な力を発揮してブブキ警察官たちをなぎ倒すと、主人である少女、朝吹黄金（あさぶき こがね）と共に東を助け出すのだった。 東はさらに、「ブブキ使い」の少年少女、野々柊（のの ひいらぎ）、扇木乃亜（おうぎ きのあ）、種臣静流（たねおみ しずる）と会う。 自分も「心臓」のブブキ使いだと知った東は、柊たちと共に新宿の地下に眠る巨人、ブランキ“王舞”を復活させるために動き出す。 東たちの持つ5つのブブキが40メートルの巨人、ブランキ“王舞”として再生し地上に姿を現すと、真紅の巨人、ブランキ“炎帝”が彼らの前に立ちはだかるのだった。