エウレカが作り上げたスカブコーラル（珊瑚状の情報生命体）の中の仮想世界。 　その崩壊とともに、仮想世界の人々がこの地球に姿を現して10年が経過した。この“大融合”の結果、仮想世界の人類は「グリーンアース」を、旧来の地球人類は「ブルーアース」を名乗り、水面下でさまざまな衝突を繰り返すことになった。そしてグリーンアース軍の高官デューイ・ノヴァクは、自分たちの尊厳を守るため、仲間とともに決起し、大規模なテロ計画をついに実行へと移す。 　混乱の元凶として世界中から憎まれるエウレカは、国連の立師団無任所部隊A.C.I.D.（アシッド）の上級戦闘員となっていた。この世界を平和に保つために生きる。それがエウレカの選んだ贖罪の道だった。そんなエウレカに、スカブコーラルを操る能力を持つ新たな“EUREKA”、少女アイリスを保護する命令が下る。最初は対立するばかりだった2人は、孤独な逃避行を通じて、次第に互いのことを理解していく。そして世界が危機に直面した時、エウレカは極限まで自らの力を振り絞って戦う。「アイリスとこの世界を守りたい」。エウレカの願いの果てに待つ未来とは――

　まだ幼かったあの日。父、ケン は幼いアネモネを残して戦いに赴き、そして帰ってこなかった。ちゃんとお別れを言うことができなかったアネモネの小さな胸に深く残る後悔。 　７年が経過した。アネモネは父が散った戦場――東京にいた。人類の敵、７番目のエウレカ＝エウレカセブンと戦うための組織・アシッドの一員として、アネモネには人類の希望が託されていた。そして、アネモネはエウレカセブンの中へとその精神を送り込む。 　アネモネがエウレカセブンの中で出会ったのは、ドミニクという青年と、エウレカという青緑の髪をした少女。この出会いは何を意味するのか。そして、見え隠れするレントンという名の少年の姿。 　アシッドに囚われていた謎の男・デューイは予言する。 「お前たちが見ているエウレカセブンはエウレカセブンではない。偽りの神が創っては破棄した無数の不要な世界。いわばゴミの山だ」 　アネモネとエウレカが出会った時、全ての真実が明らかとなり、新たな世界の扉が開く――。

選択肢のない人生なんてまっぴらだ。寂れた田舎町で、鬱屈した日々を過ごす少年レントンの目の前に突如、謎の美少女エウレカと幻のマシン、ニルヴァーシュが姿を現す。それはレントンの遙かな旅路の始まりだった。エウレカ＝運命と出会ったレントンは、「世界」を知るため、旅立ちを決意する。

地球上を覆う情報生命体・スカブコーラルと人類の戦いが巻き起こした世界の危機――サマー・オブ・ラブ。その危機から世界を救ったのは、アドロック・サーストンだった。英雄と讃えられるようになるアドロック。だが、その真相を知るものは、最前線で戦ったごく一握りの人間だけだった。 　そして10年の時が流れた。 　アドロックの残された息子レントンは、ビームス夫妻の養子となり、地方都市ベルフォレストで暮らしていた。14歳になり、鬱屈とした日々を送っていたレントンに運命の転機がやってくる。そして、家を飛び出すレントン。そこからレントンは様々な人との出会い、別れを経験する。 　レントンが出会ったひとりは、ファシリティ・ガード隊長のホランド・ノヴァク。一時、ホランド率いるファシリティ・ガードに身を寄せていたレントンだが、結局わずかな時間でそこからも飛び出してしまった。 　レントンが出会ったもうひとりは、少数宗教ヴォダラクの少女。死に瀕した彼女を救うため、レントンは、再会したビームス夫妻の心配をよそに、奔走する。 　人々との出会いと別れは、レントンに大事なことを気づかせる。自分はなぜ、家出をしたのか。自分はなぜ今、この道を走っているのか。