ある夜更け、いたずら好きな忍者・ナルト（松岡広大）が禁じ手の忍術が記された“封印の書”を持ち出したという。 だが実は全て罠であり、ナルトは追い詰められた果てに、自身の出生の秘密を知らされてしまう。 誕生してすぐに、体内に九尾の妖狐が封印されていたのだ…。 愕然とするナルトだったが、忍者学校（アカデミー）の教師・イルカの言葉に救われ、再び立ち上がる―。 そして無事に忍者学校を卒業し、下忍として任務に就くことになったナルトと仲間たちだが、数々の試練が彼らを待ち受けていた。 それぞれが背負う宿命と、ナルトとその運命の友・サスケとの終末の谷までを描いた物語。 ナルトたちは絆を深め、互いに助け合いながら、与えられた宿命を乗り越えることができるのか…!?

あの終末の谷の激闘から約二年半――。 自来也との修業の旅を終えて久し振りに里に戻ったナルトを待っていたのは、医療忍者として頼もしく成長したサクラと相変わらずのカカシ。そして成長を遂げたかつての仲間達だった。しかし再会の喜びもつかの間、木ノ葉に衝撃の報せが入る。 砂隠れの風影となった我愛羅が“暁”に連れ去られたのだ！　 動き出した“暁”の目的は全ての尾獣を狩ること。 同じ苦しみをもつ人柱力として我愛羅の身を案じ、憤るナルトは綱手の命のもとサクラ、カカシと共に三人一組を結成！　我愛羅救出の任に赴く。 圧倒的な力をもつ“暁”との対決の行方は！？　そして大蛇丸転生の準備が整いつつあるサスケの運命は！？　ナルトの戦いが新たなる風を巻き起こす！

『絶対、火影になってやるんだってばよ！！』 木ノ葉の里の落ちこぼれ忍者、うずまきナルトの夢はいつか里一番の忍者「火影」の名を受け継ぐ事。その身に封印された尾獣「九尾の妖狐」ゆえに孤独な過去を背負ったナルトだが、サスケとサクラという仲間を得、上忍カカシ率いる第七班の一員として任務をスタートさせた!!