ロード・エルメロイⅡ世の元に届いた一通の手紙――それは、かつての時計塔の同窓会の報せだった。 だが開催日が近づくある朝、ロード・エルメロイⅡ世は、鏡に映る自分の姿に驚愕する。 身体が10年前のウェイバー・ベルベットの姿に戻っていたのだ。 高度な幻術によるものと推測したロード・エルメロイⅡ世は、自分の身に起きた異変を解明するために調査を進める。 そして同窓会当日、同期たちで賑わう会場へと足を運び、この変身を引き起こした人物とその目的を解き明かす。 しかし事態は、蒼崎橙子の登場によって思わぬ方向へと進んでいくのだった――。

エインズワースとの激闘からひと時の休息。 美遊を救出したイリヤたちは、平行世界の衛宮士郎から美遊の過去、 この世界で起きた聖杯戦争のことを知らされる。 それは美遊の悲しい運命であり、美遊のために兄・士郎が 命を賭して歩んだ壮絶な戦いの物語だった。 人類の救済のために美遊を犠牲にするエインズワース。 美遊のために世界の敵となると決めた士郎。 相容れない２つの正義に、すべてを守ると誓うイリヤ。 「助けるよ。私はみんなが助かる道を探すって決めたから！」 大切な人たちと笑いあえる明日を作るために――。 魔法少女たちの戦いが、再びはじまる……！

七つの特異点での戦いを遂行し、 ついに聖杯探索(グランドオーダー)の最終地点――終局特異点、冠位時間神殿ソロモンへと到達した 人理継続保障機関・カルデア。 全ての元凶である魔術王ソロモンを倒し、未来を取り戻す。 そのときを間近に控えた一行は、それぞれの時間を過ごしていた。 ロマニ・アーキマンは自分がこれから行うであろう選択に、マシュは限りのある命に、思いを馳せる。 そして最後の作戦を控えた藤丸は、新たな礼装に身を包もうとしていた。 これまでに得た多くの出会い、そして多くの未来を賭け、 藤丸とマシュはついに最後の作戦へと赴く……。

魔術師〈マスター〉と英霊〈サーヴァント〉が、 あらゆる願いをかなえる願望機「聖杯」をめぐり戦う――「聖杯戦争」。 かつて、日本で行われた第五次聖杯戦争の終結から幾年。 新たな聖杯の予兆がアメリカ合衆国西部の都市・スノーフィールドにおいて観測される。 そして集う、魔術師〈マスター〉と英霊〈サーヴァント〉達―― 欠けたクラス。 選ばれるはずのないサーヴァント。 暗躍する国家。 戦争の為に造られた街。 ――数多のイレギュラーにより、「聖杯戦争」は混迷し、捻じれていく。 偽りの聖杯の壇上で踊る、人間と英霊〈サーヴァント〉達の饗宴が幕を開ける――。