「劇場版でも異世界だ！」 突如教室に現れたワームホールによって、またもや異世界転移をさせられた２くみの面々。 彼らがたどり着いた地は暴走したゴーレムが支配する荒れ果てた世界だった。 そこで出会ったのは、めぐみんと似た雰囲気を持つ少女型ゴーレム、スバルを知る（？）杖をついた中年男性、そしてターニャと同じ軍服を着た女性軍人。 様々な運命が複雑に絡み合いつつも元の世界に戻ろうとするアインズ、カズマ、スバル、ターニャ、尚文達は、無事にアッセンブルすることができるのか！？

それは一切の争いが禁じられ、全てがゲームで決まる 《盤上の世界(ディス・ボード)》が 創造されるはるか以前の出来事。 世界を統べる唯一神の座をめぐり、 終わりの見えない大戦が続いていた時代。 天を裂き、地を割り、星さえも 破壊し尽くさんとする凄惨な戦争は、 戦う力を持たない人間たちに理不尽な死を撒き散らしていた。 強大な力を持つ様々な種族に追いやられ、 存亡の危機に瀕する人間を率いる若きリーダーの名はリク。 一人でも多くの人間が明日を迎えるために心を砕き、 擦り減らす日々が続くある日、 リクは打ち捨てられた森霊種(エルフ)の都で 機械仕掛けの少女・シュヴィと出会う。 機械には持ち得ぬ心に興味を持ってしまったことで エラーを起こしてしまい、 仲間たちから廃棄されてしまったシュヴィは、 エラーを修正するため、リクに《人間の心》を 教えてほしいと頼むのだが……。 これは六千年以上もの昔に紡がれた 《最も新しい神話》へと至る《最も古き神話》。 記録にも記憶にも残らない、 誰にも語られることのない物語が今、幕を開ける——。

「その場にとどまるためには、全力で走り続けなければならない」 亡き父の跡を継いだわたしは、 小さな映像会社「キセキエンタテイメント」の社長兼プロデューサーとして、 TV番組『奇跡発見！』を盛り上げようと日々奮闘していた。 そんなわたしの前に現れたのは立場も性格も違う4人の『Evolver（超進化人類）』。 天才科学者として知られるシモン。 人気絶頂のアイドルであるキラ。 警官としてEvolver犯罪対策局に勤めるハク。 そして、わたしの会社の出資者であるファーレイグループCEOのゼン。 彼らEvolverと出会うことで、わたしは父の死の真実と、自分が失った記憶、そしてその裏に潜む巨大な陰謀へと巻き込まれていくことになる。 わたしと彼らが全力で走り続けた先にたどり着く真実とは…。

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ある日、世界は連結した。突如として開いた門（ハイロゥ）と、５つの世界の連結。 私たちの住む青の世界―――地球 夜と魔法が支配する黒の世界―――ダークネス・エンブレイス 祈りと神々が守護する赤の世界―――テラ・ルビリ・アウロラ 科学と電脳が管理する白の世界―――システム＝ホワイト＝エグマ 武器と軍隊が統治する緑の世界―――グリューネシルト 天使、悪魔、妖精、魔女、女神。 お伽話の中にしかいなかった存在が、現実のものとして現れた。 時を同じくして、特殊な能力――エクシードに目覚めた少女たちが、 それぞれの世界に出現しはじめる。 彼女たちは『プログレス』と呼ばれ、その保護・育成を掲げる 巨大学園都市『青蘭学園』に集められた。 この学園で少女たちは出会う。 ともに絆を紡ぐ仲間たちと。 5つの世界共通の敵、世界を終焉へと誘う『ウロボロス』に。

度重なる増築により迷路のように入り組んだ 私立誠教学園。 中等部一年の新谷貞一（にいや ていいち） はある日、旧校舎で迷い偶然たどりついた部 屋で、不思議な雰囲気を纏う少女・庚夕子 （かのえ ゆうこ）と出会う。 彼女は自分を“旧校舎の幽霊”だと言う。 自分の過去を思い出せない夕子の為、貞一と 夕子は「怪異調査部」を立ち上げ、この学園 で語り継がれる数々の怪異を解き明かしていく。