最高権力者ラインハルトの善政による改革が国民からも支持されている銀河帝国と、不敗の魔術師ヤンらの活躍も空しく、政府の腐敗による国力低下が著しい自由惑星同盟。両国間の勢力バランスに大きな変化が生じる中、第三の勢力フェザーンの自治領主ルビンスキーは、自由惑星同盟を見限り、大きな陰謀をめぐらせていた。ラインハルトは、幼い銀河帝国皇帝の誘拐と自由惑星同盟への亡命というその企みを知りながらも、自身の野望のため利用しようと考える。ヤンも同盟に最大の危機が迫りつつあることは予感していたが……。そんな中、正式な軍人になったユリアンをフェザーンの駐在武官に任命する命令が届く。

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「私は今度こそ、この手で、我が王を殺すのだ――」 遍歴の騎士・ベディヴィエールとカルデア一行が足を踏み入れた特異点―― 西暦1273年のエルサレム。 そこは民たちが住処を追われ、三つの勢力が対峙する不毛の地であった。 白亜の城を築き、民を殺戮する獅子王と「円卓の騎士」を討つべく、 ベディヴィエールらは「山の民」と協力し立ち向かう。 大切な仲間をも喪う死闘を終えた彼らは、 強大な力を持つ「太陽王・オジマンディアス」に同盟を持ち掛ける。 しかしオジマンディアスは獅子王の計画を明かし、 自らの民を守るためにその提案を一蹴する。 獅子王の真意を知り慄くベディヴィエールたちだったが、仲間たちとともに、その目的を阻止すべく、 聖都・キャメロットへの進撃を決意するのだった。 そしてついに、聖都決戦の日を迎える。 冷酷非道に成り果てた獅子王の真の狙いとは。 滅びの約束された世界で、人類を救済する方法とは。 赦されぬ罪を背負い続けたベディヴィエールの迎える結末とは。 ――最も哀しく、美しいFate、ここに完結。