人気シリーズの劇場版。学園都市製宇宙エレベーター『エンデュミオン』。その完成を目前に控えたある日、上条とインデックスは鳴護アリサと出会う。三人で放課後を楽しんでいた時、魔術師を引き連れたステイルが突如襲いかかってくる。そのターゲットはアリサだった。魔術サイドの強襲を受け、学園都市側は女リーダー・シャットアウラ率いる秩序維持部隊を展開する。上条たちを取り巻く状況が混迷を極める中、ステイルは、こう言う。「そこの彼女は、魔術サイドと科学サイドの間で戦争を引き起こしかねない」と――。

突如出現した謎の飛翔体、ザイ。それは、人類の航空戦力を圧倒した。 彼らに対抗すべく開発されたのが、既存の機体に改造を施したドーターと呼ばれる武器。 操るのは、アニマという操縦機構。 それは――少女の姿をしていた。 鳴谷慧が出会ったのは真紅に輝く戦闘機、そしてそれを駆るアニマ、グリペンだった。 人類の切り札の少女と、空に焦がれる少年の物語が始まる。

高校１年生の霧島海人は、８ｍｍカメラを片手にレンズ越しに見える湖の風景を眺めていた。 すると突然、天空から眩い光が差し込み突風にさらされ、そのまま湖に落ちてしまう。 そして次に海人が目を覚ましたのは、なぜか、自室のふとんの上だった。 その当日、海人が通う高校の３学年に赤毛の少女・貴月イチカが転入してくる…。

総人口二三〇万人を数える、東京都西部に広 がる巨大な都市。 その人口の約八割を学生が占めることから、 「学園都市」と呼ばれているその都市では、 世界の法則 を捻じ曲げて超常現象を起こす力――超能力の 開発が行われていた。 特殊な授業（カリキュラム）を受け、能力を 得た学生たちは、定期的な『身体検査（シス テムスキャ ン）』によって、『無能力（レベル０）』か ら『超能力（レベル５）』の６段階に評価さ れている。 その頂点に立ち、最強と謳われるのが、七人 の『超能力者』たちである。 そのひとり、御坂美琴。 電気を自在に操る『電撃使い（エレクトロマ スター）』最上位の能力者にして、『超電磁 砲（レール ガン）』の異名を持つ彼女は、名門お嬢さま 学校・常盤台中学に通う14歳の女子中学生。 後輩で『風紀委員（ジャッジメント）』の白 井黒子。その同僚でお嬢様に憧れる初春飾利 と、都市伝 説好きな彼女の友人、佐天涙子。 そんな仲間たちと、平和で平凡で、ちょっぴ り変わった学園都市的日常生活を送っていた 美琴に、突 然の学園都市の『闇』が迫る――。