総人口二三〇万人を数える、東京都西部に広 がる巨大な都市。 その人口の約八割を学生が占めることから、 「学園都市」と呼ばれているその都市では、 世界の法則 を捻じ曲げて超常現象を起こす力――超能力の 開発が行われていた。 特殊な授業（カリキュラム）を受け、能力を 得た学生たちは、定期的な『身体検査（シス テムスキャ ン）』によって、『無能力（レベル０）』か ら『超能力（レベル５）』の６段階に評価さ れている。 その頂点に立ち、最強と謳われるのが、七人 の『超能力者』たちである。 そのひとり、御坂美琴。 電気を自在に操る『電撃使い（エレクトロマ スター）』最上位の能力者にして、『超電磁 砲（レール ガン）』の異名を持つ彼女は、名門お嬢さま 学校・常盤台中学に通う14歳の女子中学生。 後輩で『風紀委員（ジャッジメント）』の白 井黒子。その同僚でお嬢様に憧れる初春飾利 と、都市伝 説好きな彼女の友人、佐天涙子。 そんな仲間たちと、平和で平凡で、ちょっぴ り変わった学園都市的日常生活を送っていた 美琴に、突 然の学園都市の『闇』が迫る――。

高校１年生の霧島海人は、８ｍｍカメラを片手にレンズ越しに見える湖の風景を眺めていた。 すると突然、天空から眩い光が差し込み突風にさらされ、そのまま湖に落ちてしまう。 そして次に海人が目を覚ましたのは、なぜか、自室のふとんの上だった。 その当日、海人が通う高校の３学年に赤毛の少女・貴月イチカが転入してくる…。

突如出現した謎の飛翔体、ザイ。それは、人類の航空戦力を圧倒した。 彼らに対抗すべく開発されたのが、既存の機体に改造を施したドーターと呼ばれる武器。 操るのは、アニマという操縦機構。 それは――少女の姿をしていた。 鳴谷慧が出会ったのは真紅に輝く戦闘機、そしてそれを駆るアニマ、グリペンだった。 人類の切り札の少女と、空に焦がれる少年の物語が始まる。

人気シリーズの劇場版。学園都市製宇宙エレベーター『エンデュミオン』。その完成を目前に控えたある日、上条とインデックスは鳴護アリサと出会う。三人で放課後を楽しんでいた時、魔術師を引き連れたステイルが突如襲いかかってくる。そのターゲットはアリサだった。魔術サイドの強襲を受け、学園都市側は女リーダー・シャットアウラ率いる秩序維持部隊を展開する。上条たちを取り巻く状況が混迷を極める中、ステイルは、こう言う。「そこの彼女は、魔術サイドと科学サイドの間で戦争を引き起こしかねない」と――。