魔神（サタン）の血を引く少年・奥村燐は祓魔師（エクソシスト）である弟・雪男の指導の下、祓魔塾で仲間達と訓練に励んでいる。ある時、聖十字学園最深部に封印されていた「不浄王の左目」が奪われる。さらに京都出張所に封印されている「不浄王の右目」も何者かの襲撃を受け、燐たち祓魔塾生は霧隠シュラを隊長に増援部隊として京都へ向かう。犯人の目的は、江戸時代に数万人を殺したという悪魔「不浄王」の復活だった───！かつてない危機に陥った京都を救うことができるのか!?