突如、ザンクト・ポルトにいるアメリア軍の航宙艦が攻撃を受けた。スペースコロニー国家トワサンガが、地球への帰還を目指す「レコンギスタ」作戦を開始したためだった。ザンクト・ポルトには地球内外の4勢力が集結、それぞれが権利を主張して意見を戦わせる中、アイーダは真実を求め、ベルリや仲間とトワサンガを目指すことを決意する。そして月の裏側にあるトワサンガで、ベルリとアイーダに衝撃の事実が明かされる……。

平和な孤島・竜宮島に突如襲来した未知の生命体“フェストゥム”から人々を守るため、少年少女が人型兵器“ファフナー”に乗りこみ命を賭して戦う姿を描く、オリジナルアニメーション「蒼穹のファフナー」シリーズ。 2004年にTVシリーズ第1期「蒼穹のファフナー」の放送がスタートし、 翌2005年、知られざる過去の戦いを紐解くTVスペシャル「蒼穹のファフナー RIGHT OF LEFT」が放送された。 2010年、皆城総士の島への帰還を描いた劇場版「蒼穹のファフナー HEAVEN AND EARTH」公開。 2015年放送のTVシリーズ第2期「蒼穹のファフナー EXODUS」では、少年たちは更に複雑化した新たな戦いへと巻き込まれていった。 そして、2019年―― シリーズ15周年を迎える今、彼らの運命は再び動き出す。

今日から中学一年生。学校中、いや世界中の巨人を駆逐してやる！そんな夢と希望を胸に入学式の朝を迎えたエレンはさっそく寝坊してしまう。 幼馴染のミカサに起こされ、遅刻ギリギリに家を飛び出すエレンは通学路を爆走するなか、 サシャ、ジャン、コニーといった他の小学校出身者たちと出会う。 「ここが進撃中学校か」エレンたちが見上げる先にはそびえ立つ巨大な壁と校門。 ここをくぐれば入学式が待っている。 しかし、エレンは知らなかった。この進撃中学校は人間と巨人が共に通う人巨共学の学校だということを！ 果たしてエレンは巨人を駆逐することができるのか?!?