21世紀初頭。横浜を中心に、半径３０Kmの大地が突如として隆起し本土と隔離された。やがて、そこは、「ロストグラウンド」と呼ばれるようになり、日本という国家にありながら、特殊な発展を遂げることになる。そして、そこでは、生まれながらにして「アルター」と呼ばれる特殊能力を持つ者たちが現れるようになった…。

遂に世界最大の国家・神聖ブリタニア帝国と黒の騎士団が激突する。それはルルーシュ＝仮面の男ゼロの計略通りであった。だが、唯一の計算外がルルーシュを惑わせる。それは妹のナナリー。一方、第2皇子シュナイゼルは、黒の騎士団に接触。彼らの統制を揺るがすゼロの秘密を扇や藤堂たちに明かす。戦乱は一層激しくなり、あらゆる人々の怒りや悲しみ、執着や願いを飲みこんでいく。未来のために今、なすべきことは何か。それはゼロ・レクイエム。憎しみで塗り込められた旧時代を葬り去り、新たな時代を拓くための祈り。ルルーシュとスザクの物語は衝撃の明日を迎える。

仮面の反逆者ゼロとして、反ブリタニア勢力・黒の騎士団を増強していくルルーシュと、第3皇女ユーフェミアの騎士に任じられるスザク。それぞれに力をつけていく二人に運命の転機が訪れる。エリア11副総督としてユーフェミアが行政特区「日本」の発足を発表したのだ。行政特区日本の実現は、黒の騎士団の存在意義の消失を意味する。状況を打開するため、ルルーシュはユーフェミアとの面会を試みる。 守りたいもののために決めた覚悟。ギアスの代償。一縷の希望は悠久の野望と共に翻弄され、悲劇は加速していく――

超大国ブリタニア帝国に占領された日本＝エリア11。そこに生きる二人の少年、ルルーシュとスザク。「ギアス」の力を手に入れ、世界を壊そうとするルルーシュ。ナイトメアフレーム「ランスロット」を操り、世界に理想と真実を求めるスザク。二人の対照的な生き方は、やがて帝国を揺るがす大きなうねりとなっていく。テレビシリーズ全50話を劇場3部に再編集。全編新規アフレコにて、堂々の復活。

バブル戦争から十数年、世界は富める者と貧しき者の二極分化が急激に進み、日本もまたその例外ではなかった。 富める者はひたすら己の欲望と快楽を求め、東京はその欲望を満たす快楽都市と化した。パスポートを剥奪され国内でくすぶっていた戦場カメラマン雑賀（サイガ）は、ある日秘密クラブの潜入取材を依頼される。それはセレブの中でも特に選ばれた者だけにしか出入りを許されないと言われる闇の社交場「六本木倶楽部」。 その会員になれた者には究極の快楽が与えられるという。 潜入に成功した雑賀に助けを求める謎の少女、神楽（カグラ）。彼女は「六本木倶楽部」の支配人、水天宮によって倶楽部のシンボルとして操られていたのだった。神楽をつれて逃げる雑賀、だが雑賀は神楽と接触したことによって「写殺能力」に目覚めることになる。そして「六本木倶楽部」からの追っ手もまた、欲望によって特殊な能力に覚醒した者たちだった・・・。 「六本木倶楽部」とは、そして神楽とはいったい何者なのか。神楽とのラブストーリーを軸に、二人の絶体絶命の逃亡劇が始まる。