これは、ある少女の記憶から始まる物語。 18世紀、大西洋。 父と船旅へ出ていたフェナ・ハウトマンは海賊に襲われ、 たった一人小型ボートで漂流し、命をつなぎ留める。 フェナが漂着したのは、国家が黙認する娼婦・男娼の島だった。 10年後──。 雪のような肌と白銀に光る髪を持ち、 美しく成長したフェナは、初めての“仕事”を目前に控えていた。 だが、それを受け入れることはできず、 幾度となく想像してきた島からの脱出を決心する。 迫りくる追っ手に絶体絶命のフェナは、 真っ赤な鎧に鹿の角の兜をまとった青年・雪丸に救われる。 雪丸は、フェナを「見つけ出す」と約束した少年だった。 そして2 人の“再会”は、フェナ自身に眠っていた言葉を呼び起こす。 炎に包まれ、沈みゆく船。 「必ず俺が見つけ出す！」と約束した少年。 そして最愛の父が叫んだ、あの言葉──。 「に向かえ！」 フェナはその真意を知るべく、 雪丸たちと共にの謎を解く船旅へ出る。

魔王を倒す勇者を募るというお触れを見た勇者マニアの父と母によって、半ば強制的に旅に出されたジミナ村の少年ニケ。 村のしきたりに従って、村外れに住む魔法オババの元を訪ねたニケは、そこで不思議な魔法グルグルを使う少女ククリを託される。 オババの話によれば、彼女はミグミグ族というグルグルを使うことのできる一族の最後の末裔で、いずれ現れる勇者を待ち続けていたのだという。

今日から中学一年生。学校中、いや世界中の巨人を駆逐してやる！そんな夢と希望を胸に入学式の朝を迎えたエレンはさっそく寝坊してしまう。 幼馴染のミカサに起こされ、遅刻ギリギリに家を飛び出すエレンは通学路を爆走するなか、 サシャ、ジャン、コニーといった他の小学校出身者たちと出会う。 「ここが進撃中学校か」エレンたちが見上げる先にはそびえ立つ巨大な壁と校門。 ここをくぐれば入学式が待っている。 しかし、エレンは知らなかった。この進撃中学校は人間と巨人が共に通う人巨共学の学校だということを！ 果たしてエレンは巨人を駆逐することができるのか?!?