遠い未来、遥か銀河の果て。人類は、異形の 怪生命体ヒディアーズと種の存続を賭けた戦 いを続けていた。 激しい戦いの最中、少年兵レドは乗機である 人型機動兵器チェインバーとともに時空のひ ずみへと呑み込まれる。 人工冬眠から目覚めたレドは、忘れられた辺 境の惑星・地球へと漂着したことを知る。 表面のほぼすべてを海に覆われた地球で、 人々は巨大な船団を組み、旧文明の遺物を海 底からサルベージすることで、つつましくも 生き生きと暮らしていた。 ここはそんな船団の一つ、ガルガンティア。 言葉も通じない、文化も習慣も異なる未知の 環境に戸惑うレド。 やむをえず、少女・エイミーらガルガンティ アの人々との共生を模索し始めるのだが、そ れは戦うこと以外の生き方を知らないレドに とって驚きに満ちた日々の始まりだった。

ある日、世界は連結した。突如として開いた門（ハイロゥ）と、５つの世界の連結。 私たちの住む青の世界―――地球 夜と魔法が支配する黒の世界―――ダークネス・エンブレイス 祈りと神々が守護する赤の世界―――テラ・ルビリ・アウロラ 科学と電脳が管理する白の世界―――システム＝ホワイト＝エグマ 武器と軍隊が統治する緑の世界―――グリューネシルト 天使、悪魔、妖精、魔女、女神。 お伽話の中にしかいなかった存在が、現実のものとして現れた。 時を同じくして、特殊な能力――エクシードに目覚めた少女たちが、 それぞれの世界に出現しはじめる。 彼女たちは『プログレス』と呼ばれ、その保護・育成を掲げる 巨大学園都市『青蘭学園』に集められた。 この学園で少女たちは出会う。 ともに絆を紡ぐ仲間たちと。 5つの世界共通の敵、世界を終焉へと誘う『ウロボロス』に。

強大な魔法で人々を恐怖に陥れた「魔女」たちと、人類の間で繰り広げられた「魔女狩り戦争」が終結してから150年。 残存する魔導の脅威を取り締まる「異端審問官」の育成機関「対魔導学園」では、今日も若き志願者たちが訓練に励んでいた。 剣では誰にも負けない腕前を持つ草薙タケルもまた、対魔導学園に通う生徒のひとり。 しかし武力の頂点は、剣から魔法、そして銃へと移り、彼が振るう“剣”はすでに時代遅れのものとなっていた。 絶望的に銃の才能に欠けるタケルが隊長を務める「35試験小隊」、通称「雑魚小隊」は、彼を含め、劣等生たちの寄せ集め部隊。 そんな小隊にある日、元異端審問官である夕焼け色の髪を持つ少女・鳳桜花が入隊することに。 魔女に対し異常なほどの憎しみを抱えた彼女との出会いを機に、35小隊の運命の歯車は大きく回り始める……。 「あなたは目的のためならば大切なものを捨てられますか？」 突きつけられる“瑠璃色”の問い。 魔女、死霊術師、錬金術師、魔導遺産……、世界を巻き込む様々な脅威に立ち向かっていく“最弱”の雑魚小隊。 それぞれに“秘密”を背負い出会った問題児たちの歩む道とは…！？