気が弱く、いつもいじめられてばかりの"白金 ハル" 最強の男を目指し、海の向こうからやってきた"タイガ" ふたりの少年はとある夕暮れ、最強のXBプレーヤーであり、ミナトトライブのリーダーである"神谷 瞬"と出会う。 それと時を同じくして、ネオトーキョーに散らばる各トライブは、大きな脅威にさらされようとしていた。 ネオトーキョー国王"鳳 天心"の命令によって、謎の男"鳳 王次郎"率いるチヨダトライブが、国中のトライブの制圧をはじめたのだ。 その魔の手は、ミナトトライブにも及ぼうとしており…。 「自分を変えたい」 「とにかく最強の男を目指す」 「ただ、XBを楽しみたい」 己の譲れぬ信念を貫くため、 ハル、タイガ、神谷はXBの打席に立つーー！

《SAO》事件から一年が経ったある日、キリトは、総務省《仮想化》の菊岡誠二郎から 奇妙な依頼を受ける。 それは、銃と鋼鉄のVRMMO《ガンゲイル・オンライン（GGO）》で突如発生した 怪現象《死銃（デス・ガン）》事件の捜査であった。 漆黒の銃を持つ謎のアバターに撃たれたプレイヤーは、 実際に現実世界でも《死》に至る……。 その不気味な事件の捜査を断りきれなかったキリトは、 《仮想世界》が《現実世界》へ物理的に影響を及ぼすことに疑いを抱きつつも、 《GGO》へとログインする。 《死銃》の手がかりを掴むべく、不慣れなゲーム内を彷徨うキリト。 そんな彼に救いの手を差し伸べたのは、長大なライフル《ヘカートⅡ》 を愛用するスナイパーの少女・シノンだった。 彼女の力を借りたキリトは、自らがターゲットとなって《死銃》との接触を試みるべく、 全ガンナーの頂点たる対人トーナメント《バレット・オブ・バレッツ》に挑む……。