A.S.122――数多の企業が宇宙へ進出し、巨大な経済圏を構築する時代。モビルスーツ産業最大手「ベネリットグループ」が運営する「アスティカシア高等専門学園」に、辺境の地・水星から一人の少女が編入してきた。名は、スレッタ・マーキュリー。無垢なる胸に鮮紅の光を灯し、少女は一歩ずつ、新たな世界を歩んでいく。

《これは、ゲームであっても遊びではない。》 世界初のVRMMORPG《ソードアート・オンライン》がデスゲームと化し、 １万人のユーザーがゲームの世界に閉じ込められてから、既にひと月以上が過ぎていた。 鋼鉄の浮遊城《アインクラッド》第一層を攻略したアスナは、 キリトとコンビを組んだまま、最上階を目指し旅を続けていた。 女情報屋アルゴの協力も加わり、攻略は順調に進んでいるかのように見えたが…… 攻略を先導するトッププレイヤー集団、《ALS》（アインクラッド解放隊）と《DKB》（ドラゴンナイツブリゲード）。 本来は共闘すべき2大ギルドの対立が勃発する。 その陰には、暗躍する謎の人物の姿が――。 死と隣合わせの危険な戦いのなか、《攻略》とはまた異なる《脅威》が、 アスナとキリトを巻き込んでいく――！

これは、《閃光》と《黒の剣士》が、その名で呼ばれる前の物語―― あの日、《ナーヴギア》を偶然被ってしまった《結城明日奈》は、 本来ネットゲームとは無縁に生きる中学三年生の少女だった。 ゲームマスターは告げた。 《これはゲームであっても遊びではない。》 ゲームの中での死は、そのまま現実の死につながっている。 それを聞いた全プレイヤーが混乱し、ゲーム内は阿鼻叫喚が渦巻いた。 そのうちの一人であったアスナだが、 彼女は世界のルールも分からないまま頂の見えない鋼鉄の浮遊城《アインクラッド》の攻略へと踏み出す。 死と隣り合わせの世界を生き抜く中で、アスナに訪れる運命的な《出会い》。 そして、《別れ》――。 《目の前の現実》に翻弄されるが、懸命に戦う彼女の前に現れたのは、孤高の剣士・キリトだった――。