人類はある日、異世界からの侵略を受けた。第一次異世界間衝突と呼ばれる戦いを経験した人類は、それから十数年後、第二次異世界間衝突が起こると緊急避難用に作られた海上フロートへと逃げ込み、そこで暮らすようになった。そんなある日、姉からの呼び出しで、日本フロートの「戦略防衛学園アタラクシア」を訪れた飛弾傷無（ひだきずな）は、ハート・ハイブリッド・ギア=ゼロスを操り、異世界の敵と戦う女の子、千鳥ヶ淵愛音（ちどりがふちあいね）と出会う。生意気で毒舌な彼女に翻弄される傷無だったが、異世界の敵との戦いで消耗したハート・ハイブリッド・ギアのエネルギーを回復する為には、彼女にＨな事をしなければならない！ 人類の未来をかけて、傷無は女の子たちとＨな行為を行うのであった！！　

地上を≪魔甲蟲≫と呼ばれる魔物に支配され、天空の浮遊都市へ追いやられた人類は、≪魔甲蟲≫に対抗しうる存在――空戦魔導士を生み出した。 空戦魔導士の育成機関である学園浮遊都市≪ミストガン≫の生徒、カナタ・エイジは≪黒の剣聖（クロノス）≫の称号を持つエリートエース。しかし、今では"とある事件"から「裏切り者」の烙印を押され、前線を退いていた。 そんなカナタが、"落ちこぼれ"と揶揄されるE601小隊の教官に任命される。 この小隊に所属するのは、一癖も二癖もある3人の少女。彼女たちに叩き込むカナタの指導法は、荒唐無稽な常識外のものばかりで……。 「俺がお前たちを最強の空戦魔導士にしてやるよ」 "裏切り者"教官の型破りな指導で「最強の空戦魔導士」を目指す"落ちこぼれ"少女たちの成長の物語が今、始まる！