宇宙に浮かぶスペース・コロニーで平穏に暮らしていた女子高生アマテ・ユズリハは、少女ニャアンと出会ったことで、非合法なモビルスーツ決闘競技《クランバトル》に巻き込まれる。エントリーネーム《マチュ》を名乗るアマテは、 GQuuuuuuX ジークアクス を駆り、苛烈なバトルの日々に身を投じていく。同じ頃、宇宙軍と警察の双方から追われていた正体不明のモビルスーツ《ガンダム》と、そのパイロットの少年シュウジが彼女の前に姿を現す。そして、世界は新たな時代を迎えようとしていた。

真のサムライを目指し、ジャングルで修行に励んでいた鉄 刃（くろがね やいば）。ひょんなことから日本に戻り、父・剣十郎と縁のある峰家に身を寄せることに。峰家の娘・さやかは破天荒な刃に戸惑いながらも暮らし始める。そんなある日、さやかの学校に訪れた刃は、剣道の実力者・鬼丸 猛（おにまる たけし）と運命的な出会いを果たす。その後、刃と鬼丸は衝突を繰り返し、強さを求めた2人に呼応するかのように古の力が目覚める。「雷神剣」と「風神剣」―古来より天地を揺るがしてきた魔剣が今再び目覚め、真の物語が幕を開ける―