ある日突然、未知のウイルスにより世界は滅びた。 生き残ったのは子供だけ。そして、その子供たちは地の底より現れた、吸血鬼たちに支配された。 百夜優一郎は、家族同然の絆を持つ百夜ミカエラら孤児たちと、吸血鬼に血を捧げることで生きていた。 家畜同然の扱いに耐えかねた優一郎は、ミカエラや幼い孤児たちと共に、外の世界へと脱出を図るが……。 時は４年後。百夜優一郎は日本帝鬼軍の吸血鬼殲滅部隊「月鬼ノ組」に入隊。 恐るべき吸血鬼たちとの戦いに、その身を投じていく…!!

ここは何度目かの黄昏を迎え、緩やかに終わ りの時を迎えつつある世界。 主人公のエスカはその世界の辺境の小さな街 「コルセイト」に住んでいる少女。 母親譲りの古い錬金術を使い人々の役に立ち たいと頑張っていたところ、 コルセイト開発班に正式に役人として配属さ れることになった。 また同じタイミングで、「中央」で最新式の 錬金術を学んでいた青年ロジーが派遣されて くる。 開発班で出会った二人は、協力して開発班と コルセイトの街をもり立てていこうと約束する。 錬金術が紡ぐ、少女と青年の物語。

風紀委員長「雲仙冥利」との戦いに勝利した 「黒神めだか」。この戦いによって、箱庭学 園は「フラスコ計画」を巡る新たなる戦いの 火蓋が切られた。目安箱により、箱庭学園理 事長「不知火袴」総帥に呼び出されためだか は、新たな依頼を受ける。雲仙の戦線離脱を 理由に、自分の主宰するプロジェクトに参加 してほしいとめだかに頼む不知火袴。「私は 便宜上、それを「フラスコ計画」と呼んでい ます。」『十三組の十三人』を擁する「不知 火袴」の野望、天才を人工的に作り出すこと ―――。『十三組の十三人』の王土により、フ ラスコ計画の全貌を聞かされためだかはある 決意をする。「生徒会長権限を発動させる ぞ、善吉よ。フラスコ計画を今日中に叩き潰 す！！」

容姿端麗・最強無敵の生徒会長「黒神めだ か」が、問題解決！箱庭学園第98代生徒会長 となった一年十三組の「黒神めだか」は、選 挙戦での公約通り「目安箱」を設置する。 「貴様たちの夢は貴様たちの所有物だ。自ら 挑み自ら叶えよ。しかし貴様たちの悩みは私 の所有物だ。ひとつ残らず私に貢げ！！」生 徒たちから投書された案件を幼馴染の「人吉 善吉」と共に解決していくめだか。目安箱 は、「めだかボックス」などと呼ばれ、生徒 たちから好評を博していた。