ジャブローでの防衛戦を耐えきった地球連邦軍は勢いのままにジオン地球進攻軍本拠地のオデッサを攻略すべく大反攻作戦に打って出た。アムロ達の乗るホワイトベースは作戦前の最後の補給を受ける為にベルファストへ向け航行。そんな中ホワイトベースにある任務が言い渡される。無人島、通称「帰らずの島」の残敵掃討任務。残置諜者の捜索に乗り出すアムロ達であったが、そこで見たのは、いるはずのない子供たちと一機のザクであった。戦闘の中でガンダムを失ったアムロは、ククルス・ドアンと名乗る男と出会う。島の秘密を暴き、アムロは再びガンダムを見つけて無事脱出できるのか…？

ある日、黒船が天（そら）から降ってきた――。 One day, a black ship fell from the sky... “刻（とき）を操る力”のある伝説の秘宝“時辰儀（じしんぎ）”をめぐって 京の都で繰り広げられた“スサノオ事変”は、 仮面の将軍・“無限斎（むげんさい）”こと吉田松陰の死をもって終結した。 「俺達にはまだやるべき事がある」 故郷の萩にて、かつての師・吉田松陰の墓参りを終えた 高杉晋作と相棒の桂小五郎は、再び京の都に戻ってきた。 師の教えを守らんとひた走る高杉の隣に、 いつになく遠い目をする桂の姿……。 その時、地響きとともに空が割れ、“時空の裂け目”から、 破壊したはずの時辰儀が出現。 “意思”を持ち始めた時辰儀が、制御不能の暴走を開始する!! さらに因縁の好敵手として立ちはだかるのは、 先の戦で副長・土方歳三を失った新撰組!! 局長・近藤勇が口にしたのはなんと、 新たな“無限斎”の存在だった――。 戻すのか、変えるのか。 「必ず、正しき刻の流れに戻してみせる」高杉の決意と、 「ずっと、おまえに言えなかったことがある」揺れる桂の胸の内。 やり直しの利かない運命（アンリセッタブル・クライシス）に翻弄され、 志士たちの新たな物語が動き出す!!

時は幕末。日の本の未来を憂い、各々の信念に従い突き進む志士たちが魂を燃やす時代。長州の風雲児・高杉晋作は、相棒の桂小五郎とともに徳川慶喜率いる幕府海軍船に潜り込もうとしていた。目指すは「刻(とき)を操る力」があるという伝説の秘宝、“時辰儀(じしんぎ)”。他ならぬ幕府がその力を我が物にせんとしていると耳にした高杉は『そんなやり方、つまんねぇ！』と時辰儀の破壊を企てる。一度は時辰儀を手にする高杉らだったが何者かに奪われ、追って向かうは慶喜のいる京の都。だが、そこで目にしたのは異様な姿で君臨する“巨城スサノオ”だった。自分たちが知る様相とは全く異なる町並み、民たちの様子に戸惑う高杉たち。そこは、仮面の将軍・無限斎(むげんさい)に支配された、「もう一つの幕末(BAKUMATSU)」だった。本当に守りたいものは、刻を超えても変わらない――。熱き志を持った男たちによる全力の“イキザマ”を描く物語が今、幕を開ける！