西暦2061年、日本は支配された。 ４つの世界主要経済圏によって分割統治されるに至り、日本人は隷属国の人間として虐げられる日々を送っていた。 日本は各経済圏が投入した人型特殊機動兵器AMAIMが闊歩する世界の最前線となった。 機械好きの少年、椎葉アモウは、ある日、自律思考型ＡＩ「ガイ」と出会う。 これをきっかけに、アモウは日本を取り戻すための戦いに身を投じることになる。 自ら組み上げたAMAIM「ケンブ」に乗って。

「黄金の種族」の呼びかけに各種族は応え、宇宙への進出を果たした。最後に進出を果たした人類は「鉄の種族」と呼ばれた。その後、遥かな時が流れた時代、人類はより強大な種族である「銀の種族」らの脅威にさらされ、存亡の危機を迎えた。王女ディアネイラは人類存続をかけ、王家に代々伝わる「黄金の種族」からの予言をもとに、遥かなる銀河へ旅立つ。 そして、一人の少年と出会った。少年の名はエイジ。王女と少年の出会いが宇宙に大きな運命の変転をもたらしてゆく・・・

見習い魔法使いネギ、マギステル・マギになるため、ただいま修行中！ 魔法学校を無事卒業した子供のネギ・スプリングフィールド。立派な魔法使い「マギステル・マギ」になるため、 ネギはニッポンにある麻帆良学園中等部で教師をすることになった。だが、そんなネギの周りで次から次へと巻き起こるトラブル、騒動、大問題！ 果たして、ネギはマギステル・マギになることができるのか…!?

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日本の片隅に浮かぶ平和で穏やかな島。見渡す限り蒼い空。見渡す限り広がる碧い海・・・ 少年、少女たちにとっては今日もいつもと変わらぬ一日がはじまるはずだった。 「あなたはそこにいますか・・・」 少年、少女たちはある日突然、このメッセージを受け取った。 「YES」と応えたその瞬間、一筋の光が蒼穹をよぎった。 光はあまりに美しく、だがあまりに過酷な現実へと誘う戦光でもあった。 突如として現れる敵。突然すぎる現実。 その大きな波に翻弄されることになる。 人は生きるために如何に応えるべきだったのか・・・ そして少年・真壁一騎は、「生きるため」そして「今から逃げるため」にファフナーに乗り込むことを決意する。