時は神世紀 300 年。 神樹の危機に際し、あらゆる時代から 勇者と巫女が召喚された神樹内部の世界。 彼女たちが集結した讃州中学勇者部は、 総勢 27 名の大所帯へと変貌を遂げていた。 強力な仲間を得た部長・犬吠埼 風は満を持して 「勇者部うどん」の開発を宣言する・・・！

「結城友奈は勇者である」より2年前。 鷲尾須美は小学六年にして神樹に選ばれた 世界を守る勇者である。 同級生の乃木園子、三ノ輪銀と一緒に、 かけがえのない日常を大切にしながら、 お役目を果たしていく須美。 そして物語は鷲尾須美から結城友奈へ。 平和な日常を送る讃州中学勇者部に起きた事件とは。

結城友奈、13歳。勇者部に入ります。 結城友奈（ゆうきゆうな）は朝起きて、支度して、学校へ行き、授業を受けて、 部活して、友達と遊んで…。 そんな普通の日常を過ごしている中学２年生。 あえて特殊な点をあげるなら、彼女の所属する 部活は「勇者部」。その活動内容とは？ 不思議な存在、バーテックスとは？ 神世紀３００年、少女たちの物語―。