「ここは……どこだ……？」 気づけばキリトは、なぜか壮大なファンタジーテイストの仮想世界にフルダイブしていた。 ログイン直後の記憶があやふやなまま、手がかりを求めて辺りを彷徨う。 そして、漆黒の巨木《ギガスシダー》のもとにたどり着いた彼は、一人の少年と出会う。 「僕の名前はユージオ。よろしくキリト君」 少年は仮想世界の住人――《NPC》にもかかわらず、人間と同じ《感情の豊かさ》を持ち合わせていた。 ユージオと親交を深めながら、この世界からのログアウトを模索するキリト。 そんな彼の脳裏に、ある記憶がよみがえる。 それは、幼少期のキリトとユージオが野山を駆け回る想い出――本来、あるはずのない記憶。 更にその想い出には、ユージオともう一人、金髪の髪を持つ少女の姿があった。 名前は、アリス。 絶対に忘れてはいけないはずの、大切な名前――。

ヤクザ×サイキック少女のアーバンライフ・コメディー！ 芦川組を支える若きインテリヤクザ、新田義史は大好きな壺に囲まれ、悠々自適な独身生活を送っていた。ところがある日、謎の物体に入った少女ヒナがやってきたことで生活が一変。念動力が使えるヒナに脅され、同居を余儀なくされてしまったのだ！ 暴走しがちなヒナは組関係でも学校でもやりたい放題。頭を抱える新田だが、気のいい性格が災いしていつも面倒を見る羽目に。一体、この生活はどうなってしまうのか？ お人好しなアウトローと気ままなサイキック少女の危険で賑やかな日常が始まる！

《SAO》事件から一年が経ったある日、キリトは、総務省《仮想化》の菊岡誠二郎から 奇妙な依頼を受ける。 それは、銃と鋼鉄のVRMMO《ガンゲイル・オンライン（GGO）》で突如発生した 怪現象《死銃（デス・ガン）》事件の捜査であった。 漆黒の銃を持つ謎のアバターに撃たれたプレイヤーは、 実際に現実世界でも《死》に至る……。 その不気味な事件の捜査を断りきれなかったキリトは、 《仮想世界》が《現実世界》へ物理的に影響を及ぼすことに疑いを抱きつつも、 《GGO》へとログインする。 《死銃》の手がかりを掴むべく、不慣れなゲーム内を彷徨うキリト。 そんな彼に救いの手を差し伸べたのは、長大なライフル《ヘカートⅡ》 を愛用するスナイパーの少女・シノンだった。 彼女の力を借りたキリトは、自らがターゲットとなって《死銃》との接触を試みるべく、 全ガンナーの頂点たる対人トーナメント《バレット・オブ・バレッツ》に挑む……。