主人公・宮代拓留の逮捕という衝撃の結末を迎えた『CHAOS;CHILD』。だが、ひとり現実という「舞台」に残された尾上世莉架は、いかなる運命を辿るのか。「彼」と「彼女」の「その後」を紡ぐ最終章が、ここに幕を開く。

人類が生活領域と欲望を宇宙まで拡大した時代、 自由を求めた人々が宇宙へ流れ住むようになり、彼らの叡智は文明を育み、 いつしか地球を脅かす存在へと変貌していった。 宇宙暦0157年、戦場で再会した生き別れの兄弟は、 重力という名の運命に導かれ母なる大地・地球へと降り立った。 大気圏突入時の衝撃を受け、犠牲となったスバルの愛機・デュランダル。 残骸と成り果てたその姿に宇宙戦艦【ティラミス】のエースパイロットであるスバルの悲しみの声が響き渡った。 ――咽び泣くスバルだったが、突如彼の体に異変が…！！コックピットにひきこもってばかりいた彼にコックピット禁断症状が現れたのだった…。

嘘と実の狭間で、歪んだ妄想が揺らめく。 2015年、渋谷。6年前に起きた大災害、渋谷地震から復興した街に新設された私立高校『碧朋学園』（へきほうがくえん）に通う少年、宮代拓留は、自身が設立した新聞部の活動の一環として『ニュージェネレーションの狂気の再来』と称される連続殺人事件を追っていた…。