西暦2030年。“笑い男事件”が解決して半年・・・公安９課が完全な再建に向けて活動をしていた。ある夜、中国大使館で「個別の１１人」と名乗るテロ組織による人質立て籠もり事件が勃発する。彼らの要求は、アジア招慰難民受け入れの即時撤廃と招慰難民居住区の完全閉鎖だった。公安9課の面々が再び集合する。今度の敵は個人か国か社会か！より大きな舞台で9課の活躍が始まる。

西暦2030年、情報ネットワーク化が進む中、犯罪の芽を探し出しこれを除去する攻性の組織が設立された。内務省直属の独立部隊、公安9課。通称「攻殻機動隊」である。彼らの役割は、深刻な電脳犯罪への対処、要人警護、暗殺、政治家の汚職摘発から、凶悪犯罪の捜査にまで、多岐に渡る。“少佐”と呼ばれるサイボーグ・草薙素子を中心に、9課のメンバーはネットの闇に潜む犯罪に敢然と立ち向かっていく！

ピアノが鳴り響く音楽学校。聴く者全てを惹きつける見事な旋律を奏でるのは少し影のある少女、アリスだ。人と交わろうとしない彼女だが、好奇心の強いサニア、優しいロザリアと出会い、徐々に変化が訪れる。 空から一人の幼い女の子が落ちてくる。記憶を失くしていたが、黒の紳士がDeemoということはなぜか知っていた。Deemoがつま弾くピアノの旋律に誘われるように、少女は「アリス」という自分の名前を思い出す。そこには、彼女を優しく見守るぬいぐるみのミライ、クルミ割り人形のくるみ割り、フワフワと宙に浮く匂い袋がいた。 ピアノの音色で成長する木が天窓まで届けば元の世界に帰ることができるのではと考えたアリスたちは、城に隠された楽譜集めを始める。そこでアリスは表情を隠した仮面の少女と出会う。「あなたなんて、嫌い」と言う仮面の少女とアリスの関係は？ 仲間たちとの楽譜集めの冒険。仮面の少女の心。そしてDeemoという存在の謎。時にアリスの頭をよぎる桜並木。 途中で止まる記憶の旋律――。 過去・現在・未来に大きな波紋を広げる音色が、次第にアリスの記憶の扉を開いていく。