かつて人間界を恐怖に陥れた妖邪界の封印が解けると、数多の妖邪兵が侵攻を開始した。人類の危機に駆けつけたのは、若き五人のサムライたち。その名は、サムライトルーパー!! 彼らの闘いの日々が、新たに幕を開ける！

ファンタジー世界を舞台にした国家運営シミュレーションゲーム、『Eternal Nations』。ユーザーランキング一位を獲得した伝説のプレイヤー・伊良拓斗は、入院中に意識を失う。気が付くと拓斗は、まるでゲームの中のような世界、イドラギィア大陸に降り立っていた――そこに現れたのは、『Eternal Nations』で拓斗が最も愛用していたユニット、《汚泥のアトゥ》。アトゥから「すべてを覚えている」、と告げられた拓斗はある決心をする。「――僕たちの国を作ろう。僕と、君だけの王国を」アトゥと共に、邪悪国家である《マイノグーラ》を建国することを決めた拓斗。個性豊かなダークエルフたちを国民とし、この世界ではチートとも言えるゲームシステムを利用しながら、英雄・アトゥと共に国家運営を進めていく――。

六葉町に住む双子の兄妹・王道遊飛と王道遊歩は、ちょっぴりアヤシイ宇宙人駆除業社・ＵＴＳ（宇宙人トラブル相談所）を経営する小学生。遊飛が作った謎の装置で宇宙人を探しては、ムダに苦労する毎日を送っていた……そう、あの日までは!! できたてほやほやのミステリーサークルで、ついにホンモノの宇宙船を見つけた遊飛と遊歩。おそるおそる宇宙船に足を踏み入れた２人は、その船の中ではるか彼方のベルギャー星団から来たという宇宙人・ユウディアスと遭遇!! 故郷の星団を追われた仲間を、新たな未来へ導くといわれる“ラッシュデュエル”を求めて地球までやってきたユウディアスだったが、それがどんなものかは知らない様子。そんな初心者のユウディアスにひと肌脱いでやろうとラッシュデュエルを挑む遊飛。こうして小学生と宇宙人による初めての異星間交流は、ラッシュデュエルで行われることに……!! 今、遠い銀河の果てから来た１人の宇宙戦士が、ラッシュデュエルという新たな戦場を駆け抜ける！ 　行くぞ、ゴーラッシュ!!