ベルリたちを乗せたメガファウナが、ジット団を追ってビーナス・グロゥブを出発。だが、すでに地球圏の戦況は一変していた。大気圏外で睨み合っていたキャピタル・アーミィとアメリア軍、ドレット艦隊は、禁忌の存在であるカシーバ・ミコシの近傍でさらに激しく衝突を繰り返す……。

資源の枯渇した地球を救うエネルギーである「フォトン・バッテリー」。地球では製造することのできないエネルギー装置の供給源へ向かうため、地球圏を離れたメガファウナは金星宙域にあるビーナス・グロゥブに到達する。しかし、ベルリたちを出迎えたのは“地球への帰還＝レコンギスタ作戦”を目論むジット団だった……。

突如、ザンクト・ポルトにいるアメリア軍の航宙艦が攻撃を受けた。スペースコロニー国家トワサンガが、地球への帰還を目指す「レコンギスタ」作戦を開始したためだった。ザンクト・ポルトには地球内外の4勢力が集結、それぞれが権利を主張して意見を戦わせる中、アイーダは真実を求め、ベルリや仲間とトワサンガを目指すことを決意する。そして月の裏側にあるトワサンガで、ベルリとアイーダに衝撃の事実が明かされる……。

ベルリたち救出のため出撃したデレンセンが海賊部隊のメガファウナを急襲。地球周回軌道上での宇宙戦闘を強いられたベルリは、恩師との対決とは気づかずにＧ-セルフで迎撃してしまう。一方、キャピタル・アーミィはＧ-セルフとラライヤ・マンディの身柄も要求し、エルフ・ブルックのマスク部隊に続き、ベッカーのウーシァ隊を出撃させる。その背後にはスコード教のタブーを無視するほどの危機――宇宙からの脅威の存在があった。

地球上のエネルギー源であるフォトン・バッテリーを宇宙よりもたらすキャピタル・タワー。タワーを護るキャピタル・ガードの候補生ベルリ・ゼナムは、初めての実習で宇宙海賊の襲撃に遭遇して捕獲に協力。捕まった少女アイーダに不思議な何かを感じたベルリは、彼女が「G-セルフ」と呼ぶ高性能モビルスーツを何故か起動できてしまう。宇宙世紀終焉後の時代、リギルド・センチュリーを舞台に少年少女の冒険は世界の真相に直進する。

平穏な日々を切り裂くように物語は始まる。 偽りの日常を取り戻したように見えた エリア11に、再びゼロが舞い戻る！

隅々まで探索されつくした世界に、唯一残された秘境の大穴『アビス』。 どこまで続くとも知れない深く巨大なその縦穴には、奇妙奇怪な生物たちが生息し、 今の人類では作りえない貴重な遺物が眠っている。 ｢アビス｣の不可思議に満ちた姿は人々を魅了し、冒険へと駆り立てた。 そうして幾度も大穴に挑戦する冒険者たちは、次第に『探窟家』と呼ばれるようになっていった。 アビスの縁に築かれた街『オース』に暮らす孤児のリコは、いつか母のような偉大な探窟家になり、アビスの謎を解き明かすことを夢見ていた。 ある日、母・ライザの白笛が発見されたことをきっかけに、アビスの奥深くへ潜ることを決意するリコ。リコに拾われた記憶喪失のロボット・レグも自分の記憶を探しに一緒に行くことを決意する。 深界四層でタマウガチの毒に苦しむリコ。リコを救ったのは成れ果てのナナチだった。ナナチを仲間に加え、ボンドルドの待つ深界五層へと三人は冒険を進める。 そこで、出会ったプルシュカと名乗る女の子は、ボンドルドに育てられ外界を知らずにいた。 リコの冒険話に夢中になり一緒に冒険に行きたいと願うが、あえなくボンドルドの実験に利用されてしまう。 しかし、プルシュカは形を変えリコの白笛となり、 一同は深界六層「還らずの都」へと進む。 そこには、成れ果てが独自の価値観を持って生活している 「成れ果ての村」が存在していた。

時は22世紀。木星から現れた謎の侵略者達の 脅威が地球に迫った時、民間企業のネルガル 重工は、独自に大型新造戦艦・ナデシコを建 造した。 テンカワ・アキトは、幼い頃会った覚えのあ る少女を追って、機動戦艦ナデシコに出会う。 ミスマル・ユリカとともに、木星からの侵略 者と闘う事になったアキトと地球の運命は？

"２０４６年、ニューロリンカーと呼ばれる 携帯端末を用いることで生活の多くが仮想 ネットワーク上で行われるようになった世界。 だが、どんなに時代が進んでも「いじめら れっ子」はなくならない……。ハルユキもそん な中学内格差（スクールカースト）最底辺に 位置する一人であった。 ローカルネットの片隅で、ひたすらにスカッ シュゲームに打ち込むだけの暗く陰鬱な日々 を過ごしていた彼だったが、ある日突然、校 内一の有名人《黒雪姫》に声をかけられる。 「もっと先へ――《加速》したくはないか、少年」 彼女から謎のプログラム《ブレイン・バース ト》を託され、《加速世界》の秘密を教えられ たハルユキは、黒雪姫の『騎士』として戦う ことを決意する……!!"