飛行するシェルター『イクシア』は、異星勢力ドラクターへの反撃のため、 伝説の地『サンクチュアリ』を目指す。 一方、シェルターに入れなかった人々は、地上の集落『ソロン』で生きていた。 そこで、アーシェムは苦境に負けず強く生きる人々に出会い、 二つの星をひとつにするという希望に向かって動き始める…。 地球人と異星人、ひとりひとりの想いが交錯し、 新たな出会いと別れを経て、この世界の全貌が明らかになっていく。 ドラクター内で起きた革命による、新たな波乱の幕開け。 そして、シェルターイクシアを待ち受ける現実…。 更に巨大にて強大な敵を前に、ローグもまた進化を遂げる。

ごくふつうの町で、穏やかに満たされた生活をおくる人々がいた。 しかし彼らは、それが、偽りの平和であることを知らなかった。 知られざる真実…。 地球はすでに、滅んでいるということを…。 宇宙からの謎の異星人勢力の攻撃を受け、人類は99.9％が死滅。 その敵は『ドラクター』と名付けられた。 やがて地球には大きな穴があけられ、 異星人の居住に適した環境にテラフォーミングされた。 人類は彼らの目を逃れ、シェルターに身を潜めるしかなかった。 いつ訪れるかわからない、復活の日を待ちながら…。 シェルターイクシアの住人たちは、滅びの日の記憶を消され、 何も知らず普通の生活を送っていた。 しかし、その中の一部の『選ばれし者』たちは、パイロットとなり、 『ローグ』と呼ばれる巨大ロボットを駆り、異星人と戦っていた。 そして、今日もまた、新たなパイロットが選出される…。

少年サッカー日本代表「イナズマジャパン」のメンバーが、ついに発表された！ その中には、少年サッカー日本一を決める大会ＦＦ（フットボールフロンティア）の優勝校である雷門中の稲森明日人、灰崎凌兵、ともに優勝を争った王帝月ノ宮中の野坂悠馬らの名前もあった。各校から選び抜かれた精鋭選手が集結するなか、さらに海外のクラブチームでプレイ経験のある新たな仲間「一星充」が招集され、イナズマジャパンは世界の荒波へと船出しようとしていた。 しかし、その先では予想をはるかに超える試練が待っていた。謎のプレイヤー“オリオンの使徒”の存在、策略、裏切り、衝突－－。いったいこの大会は、誰のためのものなのか……。様々な思惑が渦巻く少年サッカー世界大会ＦＦＩ（フットボールフロンティア・インターナショナル）が、今まさに始まる!! 「世界への門」が開かれた先で、イナズマジャパンのメンバーを待つものとは！？どんな熱い戦いが、彼らに待っているのか!?　 日本（にっぽん）よ！　世界へ羽ばたけ！

「フットボールフロンティア」で雷門イレブンが華々しく優勝を飾り、日本中で人気となった少年サッカー。 やがて、少年サッカーには、異例の新制度「スポンサード」が適用された。スポンサーのつかない学校では、 巨額の運営費がまかなえず、廃部に追い込まれていくのである。 のどかな孤島・伊那国島で暮らすサッカーを愛する少年、稲森明日人たちにもサッカーはく奪の危機が訪れる。 奪われたサッカーを取り戻すため、明日人たちは新生・雷門イレブンとして「フットボールフロンティア」で運命の一戦に挑む。 初戦の相手は全国ランク1位の星章学園。雷門の先制点が、フィールドの悪魔・灰崎凌兵に火をつけてしまう。 灰崎は狂気的な笑いを見せる一方、観客席には、試合の様子を静かに見つめる王帝月ノ宮中の野坂悠馬の姿があった。 明日人、灰崎、野坂。それぞれがサッカーにかける想いとは……。 「てっぺん」を目指す少年たちの、熱き青春サッカードラマが幕を開ける！