西暦2062年。労働力の大幅な自動化プロジェクトの失敗後、その中核となる人工知能アルテミスが人類との戦いを選んだ末、荒廃した二十年後の地球。とある基地の地下研究施設で、ひとりの少女、エンプレスが目覚める。彼女は人類の守護者３人の生き残りのうちのひとりであった。しかし彼女には以前の記憶がない。そんなエンプレスに平和構築軍の大佐は告げる。エンプレスには、現在、アルテミスが建設中の月と地球を結ぶ軌道エレベーターを完成前に破壊する使命があることを。完成すれば月で大量生産中の巨大機械軍が大挙して地球へやってくるからだ。だが、その行く手を仲間であったはずのデッドマスターやストレングス、アルテミスの手先である無人軍隊やカルト集団＜教育機関＞のスマイリーらが阻もうとする。さまざまな思惑が交差する中、大佐らと軌道エレベーターを目指して進んでいくエンプレス。その先で待ち受けるものとは……。

忍法殺戮合戦、再び。 慶長の世に起きたる三代将軍世継ぎ争いは、 甲賀、伊賀の忍法殺戮合戦へと飛び火、それは凄惨を極めた。 散り行く花弁たちの中にあり、愛に生きようとした男と女もまた、 儚くも美しく散った――が、しかし。 伝え聞くところ、服部半蔵が継子・響八郎の手によって、つかの間か、永劫か―― 二枚の花弁は生を与えられ、忘れ形見をまた２つ、残したという。 甲賀八郎、伊賀響。 それぞれに父、母に良く似た眼を持って生まれた宿命の子供たち。 時は寛永、太平の世。 忍びはもはや無用の長物、行く末は陰り行くのみ。 “血”と“力”によってなんとかその礎を磐石なものにせんと、 甲賀、伊賀の者達は八郎、響にあることを望んだ。 “契り” ――実の兄妹にして、二人は契りを結ぶ宿命を背負わされていた。 宿命に翻弄され、迷い生きる八郎と、 己の深き真情に従い、愛に生きる響。 二人が織り成す生の先には、未知なる現象“桜花”が生まれ、 其処に乱世の影がにじり寄る…

真道幸路朗（しんどう・こうじろう）は、外務省に勤務する凄腕の交渉官。 羽田空港で真道が乗った旅客機が離陸準備に入った時、空から謎の巨大立方体が現れる。 “それ”は急速に巨大化し、252人の乗った旅客機を飲み込んでしまう。 巨大立方体の名は「カド」。 カドより姿を現した、謎の存在・ヤハクィザシュニナは人類との接触を試みようとする。 カドに取り込まれた真道は、ヤハクィザシュニナと人類の間の仲介役を引き受けることになる。 一方、日本政府も国際交渉官の徭沙羅花（つかい・さらか）を代表として現場へ送り込む。 ヤハクィザシュニナとは何者か。そして彼の狙いは何か。

記憶を失った少女、フーカ。 見知らぬ街を彷徨っていた彼女は 、 突然 何者かに追われること。 逃げ惑う彼女を助けてくれたのは 、 街を支配するマフィアのひとつ 、 オズファミリー だった。 争いと友情が背中 合わせの街、 フーカ は誰の手を取るか。 そして、彼女が記憶を持たない理由とは そして、彼女が記憶を持たない理由とは ―― ？

未来での戦いも終わり中学3年生になったうさぎ達は、つかの間の平和な日々を取り戻していた。そんな折、予知夢を見る衛とレイ。不穏な気配が漂い始める。 東京湾の埋め立て地に立てられた新設の私立無限学園に通う生徒が、次々に怪物に襲われる先祖返り減少が起こる。早速うさぎ達は偵察を開始。私立無限学園は既に新たなる敵・デス・バスターズの支配下に…。 更に新たな二人のセーラー戦士が出現しとまどう、うさぎ達。 私立無限学園で出会った天才レーサー天王はるかに、ドキドキが止まらず惹かれていくうさぎ。 一方、ちびうさは無限学園創設者の娘、土萠ほたると知り合い、親しくなる。 やがて土萠ほたるの隠された秘密が明らかになっていく…。