「もしわたしが悪い人になったら許せませんか？」 　少年は少女を守りたい。そう、思った。 　魔術師〈マスター〉と英霊〈サーヴァント〉 が、あらゆる願いをかなえる願望機「聖杯」をめぐり戦う――「聖杯戦争」が起きて10年、冬木市で再び戦争が始まった。前回の「聖杯戦争」の参加者である衛宮切嗣の養子・衛宮士郎は遺志を継ぎ、戦うことを決意する。 　士郎のそばには、彼を慕う少女――間桐桜がいた。 　彼女は毎朝、毎晩士郎の家に通うと朝食と夕食を作り、天涯孤独だった士郎と優しい日々を過ごしていた。 　だが「聖杯戦争」が始まると、冬木の町に流れる空気が変わった。あちこちで殺人事件が起き、不穏な空気が流れ始める。士郎は桜を自宅に泊めることを決意した。 　士郎は召喚したサーヴァント・セイバーとともに、魔術師の遠坂凛と同盟を結び「聖杯戦争」に臨む。だが、その戦いは暗躍する者たちによって大きくきしみ、歪み始めていた。

文久三年。 倒幕派と佐幕派が世を二分し、刀の時代が終わりを告げた時代―――幕末。 刀剣男士として顕現したばかりの堀川国広は、 かつて同じ主の元で戦った和泉守兼定とともに、雨の山道をひた走る。 刀剣男士は刀に宿る想いを審神者が励起させ、顕現させた『付喪神』。 彼らの使命は、歴史を変えようと目論み未来から送り込まれる『時間遡行軍』を打倒し、 “正しい歴史”を守ること。 陸奥守吉行、薬研藤四郎、蜻蛉切、鶴丸国永という新たな仲間を得た二振りは、 動乱の時代で、時間遡行軍との戦いに身を投じることになる。 振るう刃に映すは光か、影か。 刀剣男士、いざ出陣。

舞台は海と山に囲まれた都市・冬木市。 そこで行われる、ある一つの儀式。 手にした者の願いを叶えるという聖杯を実現させる為、聖杯に選ばれた七人の魔術師に、聖杯が選んだ七騎の使い魔を与える。 騎士 "セイバー" 槍兵 "ランサー" 弓兵 "アーチャー" 騎兵 "ライダー" 魔術師 "キャスター" 暗殺者 "アサシン" 狂戦士 "バーサーカー" マスターは七つの役割を被った使い魔一人と契約し、七組は、聖杯を求め、最後の一組となるまで殺し合いを繰り広げる。 その名は「聖杯戦争」。 2014年 秋、開戦 ――。