ピアノが鳴り響く音楽学校。聴く者全てを惹きつける見事な旋律を奏でるのは少し影のある少女、アリスだ。人と交わろうとしない彼女だが、好奇心の強いサニア、優しいロザリアと出会い、徐々に変化が訪れる。 空から一人の幼い女の子が落ちてくる。記憶を失くしていたが、黒の紳士がDeemoということはなぜか知っていた。Deemoがつま弾くピアノの旋律に誘われるように、少女は「アリス」という自分の名前を思い出す。そこには、彼女を優しく見守るぬいぐるみのミライ、クルミ割り人形のくるみ割り、フワフワと宙に浮く匂い袋がいた。 ピアノの音色で成長する木が天窓まで届けば元の世界に帰ることができるのではと考えたアリスたちは、城に隠された楽譜集めを始める。そこでアリスは表情を隠した仮面の少女と出会う。「あなたなんて、嫌い」と言う仮面の少女とアリスの関係は？ 仲間たちとの楽譜集めの冒険。仮面の少女の心。そしてDeemoという存在の謎。時にアリスの頭をよぎる桜並木。 途中で止まる記憶の旋律――。 過去・現在・未来に大きな波紋を広げる音色が、次第にアリスの記憶の扉を開いていく。

リブラシティの事件から2年。 行方不明となったベムたち妖怪人間の行方を探し続けていた刑事・ソニアは、 目撃情報を元に「ドラコ・ケミカル」という製薬会社を訪れる。 そこで出会ったのは、逞しく成長し、たった一人で悪と戦い続けるベロ、 戦いを拒み、普通の女の子としての暮らしを望むベラ、そして、ベムにそっくりな姿の"ベルム"という男だった・・・。 ベルムは、自分のことをベムと呼ぶソニアとの接触以来、毎夜、悪夢にうなされることになる。 愛する妻と子どもに囲まれた暖かい家庭。優しい街の人々とのいつもの交流。気の置けない同僚と、やりがいのある仕事。 そんな、自分にとってごく普通の、変わらないはずの日常が、音を立てて崩れ落ちていく―。 「俺は一体、誰なんだ・・・？」 彼らの運命はすれ違い、交錯し、やがて妖怪人間誕生の秘密へと繋がる。 長年抱いていた夢の答え。果たして妖怪人間が選び取った未来とは・・・！？

魔王を倒す勇者を募るというお触れを見た勇者マニアの父と母によって、半ば強制的に旅に出されたジミナ村の少年ニケ。 村のしきたりに従って、村外れに住む魔法オババの元を訪ねたニケは、そこで不思議な魔法グルグルを使う少女ククリを託される。 オババの話によれば、彼女はミグミグ族というグルグルを使うことのできる一族の最後の末裔で、いずれ現れる勇者を待ち続けていたのだという。