「週刊少年マガジン」で連載中の大人気コミック『FAIRY TAIL』の新たな物語がスクリーンに刻まれる。 2006年に連載が始まった『FAIRY TAIL』は、幅広い年齢層に愛され、TVアニメは全277話という長期に渡り放送され、 さらには海外からも高い評価を受け、全世界累計発行部数6000万部を超える大ベストセラーとなった。そして、今回の劇場版は、原作者・真島ヒロが自ら描き下ろした約200ページに及ぶ渾身のネームを基に創られたオリジナルストーリーだ。 断崖絶壁に囲まれた孤島・ステラ王国を舞台に、ナツやルーシィたちおなじみのメンバーに加え、魅力的な劇場版オリジナルキャラクターたちがスクリーンを彩る。 連載中の原作は既に最終章に突入!! 興奮と感動が加速する中、その起源（ルーツ）がスクリーンで遂に明かされる！？

西暦2068年。銀河辺境のウィンダミア王国と新統合政府の紛争は、ハヤテやミラージュの所属するバルキリー隊と戦術音楽ユニット“ワルキューレ”の歌の力により鎮静化した。ワルキューレは、フレイアの故郷ウィンダミアで、停戦記念LIVEを開催。。だが、謎の戦闘部隊ヘイムダルの戦艦があらわれ、ウィンダミアの村を襲撃した。ヘイムダルが送り出すバーチャロイドと無人可変戦闘機Sv-303にワルキューレとΔ小隊は翻弄されてしまう…。

―逃げぬ心と見つけたり― 灯荒仁(ともしび あらじん)は、かつての親友浅観音真宝(あさみね またから)との再会をきっかけに 強者たちの戦いに巻き込まれていく…。 そんな中、巨大な魔人の影が現れ…？！ 監督・内海紘子、シリーズ構成・岸本卓、キャラクターデザイン・加々美高浩、 制作・MAPPAが送る、ヤンキー×千夜一夜物語！

昔々のお話です。ある所におじいさんとおばあさんがおりました。 おじいさんは山へ芝刈りに おばあさんは川へ洗濯に──（中略） ついには鬼を退治しましたが、外国にも鬼がいるようなので…桃太郎は海を渡りました。 すごいのは倒したこと　喜ぶべきは救ったこと　ただ一つ…駄目だったことは…… ────楽しんだこと これはもしもの話だが…… もし流れてきた大きな桃が一つではないとしたら… 日本に流れてきた桃が複数あるうちの一つに過ぎないとしたら…"

敵＜アマルガム＞のガウルン、ゲイツといった強敵を倒し、いつもの平和な日常が戻った「陣代高校」。 しかし、そんな日々は長くは続かなかった・・・。 失態続きの＜アマルガム＞は、本気で相良宗介たちに襲いかかってくる。 世界各地の＜ミスリル＞の基地が強襲される！ テッサ率いるトゥアハー・デ・ダナンが格納されている「メリダ島」もたくさんのミサイル、アームスレイブによって攻撃される。 一方、日本の宗介、かなめにも魔の手が追っていた！！ 再び、宗介、かなめ、テッサたちに試練が訪れる！！！