近未来の地球―― 人類は「ヒュージ」と呼ばれる謎の生命体の出現で破滅の危機に瀕していた。 全世界が対ヒュージという一事に団結し、 科学と魔法の力を結集した決戦兵器「CHARM（チャーム）」の開発に成功、 その使用者となる少女たち「リリィ」を養成する機関「ガーデン」を各地に設立した。 ガーデンの中でも名門と名高い百合ヶ丘女学院に 補欠ながらも合格を果たした一柳梨璃は、 人類存続のために戦うリリィとしての一歩を踏み出す。 かつて、自身の窮地を救ってくれた白井夢結を追ってこの学園を受験した梨璃は 登校初日に邂逅を果たすも、以前の夢結とはどこか違っていて…… 儚くも美しく戦う、少女たちの物語が花開く──。

桜丘高校の入学式。合田美桜と芹沢春輝は桜の樹の下で出会う。 「美しい桜って書いて、美桜」 「俺は春輝。春が輝く」 春生まれの二人は親近感を覚える。 それ以来、気づいたらお互い目で追うようになっていた。 美術部の美桜は大人しく、映画研究部の春輝は快活で周りにはいつも誰かがいた。 二人は全く違うタイプだが、いつの間にか一緒に下校する仲になっていた。 付き合っていると勘違いされることもあるが、ずっと友達以上恋人未満の関係。 本当はお互いに「好き」という気持ちを抱えながら─。 いつも帰り道に寄る高台の階段に腰をかける二人。 「春輝君って、好きな人とか、いる？」 思わず聞いてしまった美桜に答える春輝。 「好きなやつ、いるよ。…美桜は？」 二人のその手の距離は10センチ。 たった10センチなのに、その距離が縮まらない─。

12年前、リムガルド王国で起こった事件は大きな謎を残したまま、人々の記憶から忘れ去られようとしていた。 時は流れ、主人公ユイとレナの二人姉妹はエナストリア皇国で平穏な日常をおくっていた。 ある日、1体の巨大メカがエナストリアを襲う。この日を境に少女達は運命の渦へと巻き込まれていくのだった。