日本の片隅に浮かぶ竜宮島に、ある日突然、不思議な声が響き渡った。「あなたはそこにいますか…」そしてその瞬間、謎の敵によって竜宮島は襲撃される。島に暮らす少年・真壁一騎は、切り札として用意された兵器・ファフナーに乗り込み戦うことを決意するのだった。