2045年。全ての国家を震撼させる経済災害とAIの爆発的な進化により、世界は計画的且つ持続可能な戦争へと突入した。電脳社会に突如出現した新人類“ポスト・ヒューマン”による電脳犯罪を阻止すべく、全身義体のサイボーグ・草薙素子率いる公安９課は、先の大戦で廃墟と化した東京へと向かう。奪取された原子力潜水艦による核大戦の危機が迫るなか、公安９課、アメリカ、ポスト・ヒューマンによる三つ巴の戦闘が激化していく――。

2045年。全ての国家を震撼させる経済災害「全世界同時デフォルト」の発生と、AIの爆発的な進化により、世界は計画的且つ持続可能な戦争“サスティナブル・ウォー”へと突入した。だが人々が、AIによる人類滅亡への危機を日常レベルで実感できるまでには衰退の進んでいない近未来――。 内戦・紛争を渡り歩き、廃墟が横たわるアメリカ大陸西海岸において、傭兵部隊として腕を奮っている全身義体のサイボーグ・草薙素子とバトーたち元・公安9課のメンバー。電脳犯罪やテロに対する攻性の組織に所属し、卓越した電脳・戦闘スキルを誇っていた彼女らにとって、この時代はまさにこの世の春である。そんな草薙率いる部隊の前に、“ポスト・ヒューマン”と呼ばれる驚異的な知能と身体能力を持つ存在が突如として現れる。彼らは如何にして生まれ、その目的とは。大国間の謀略渦巻くなか、いま再び“攻殻機動隊”が組織される――。

西暦2030年。“笑い男事件”が解決して半年・・・公安９課が完全な再建に向けて活動をしていた。ある夜、中国大使館で「個別の１１人」と名乗るテロ組織による人質立て籠もり事件が勃発する。彼らの要求は、アジア招慰難民受け入れの即時撤廃と招慰難民居住区の完全閉鎖だった。公安9課の面々が再び集合する。今度の敵は個人か国か社会か！より大きな舞台で9課の活躍が始まる。

西暦2030年、情報ネットワーク化が進む中、犯罪の芽を探し出しこれを除去する攻性の組織が設立された。内務省直属の独立部隊、公安9課。通称「攻殻機動隊」である。彼らの役割は、深刻な電脳犯罪への対処、要人警護、暗殺、政治家の汚職摘発から、凶悪犯罪の捜査にまで、多岐に渡る。“少佐”と呼ばれるサイボーグ・草薙素子を中心に、9課のメンバーはネットの闇に潜む犯罪に敢然と立ち向かっていく！