武士というものがまだ存在していた江戸の世——。 百人斬りと呼ばれた【不死身】の男がいた。 その男の名は「万次」。 万次は、父母を殺され復讐を誓う少女「凜」と出会う。 凜は万次に、復讐の旅の用心棒になってくれないかと言う。 初めは断る万次だが、凜に亡くした妹の面影を見た。 一人では危うい凜の姿に、仕方なく手を貸すことに決める。 しかし凜の仇は、剣の道を極めんとする集団——逸刀流。 それは、不死身の万次すら追いつめる凄絶な死闘の始まりを 意味していた。

交易と肥沃な大地に支えられた大国パルスは、異教徒の国・ルシタニアの侵攻によって、一夜にして、その永きに渡る平和をおびやかされた。パルスとルシタニアの戦いにおいて、初陣にして大敗を経験し、帰るべき土地を奪われて亡国の王子となった少年・アルスラーンは、「戦士の中の戦士（マルダーンフ・マルダーン）」の異名を持つ最強の騎士・ダリューンと、たったふたりで奪われた王都エクバターナを取り戻すための旅を始める。 そんな二人のもとに、ナルサス、エラム、ギーヴ、ファランギース、アルフリード、ジャスワント――苛酷な戦いを切り抜ける中、力強い仲間たちが次々と集う。また、アルスラーン自身も、さまざまな経験を積むことで、ただ守られるだけの頼りない存在から、周囲を守り導く存在へと、たくましく成長していくのだった。 しかし、王都は未だ遠い。シンドゥラの王位継承争いにまつわる戦いを無事乗り切り、パルスの土地へと凱旋したアルスラーンたちの前には、銀仮面の猛将・ヒルメスが立ちふさがる。そして、ヒルメスをなんとか退け、ふたたび王都を目指そうというときには、さらなる脅威がパルスの土地に迫っていた。 今、新しい歴史の幕が開く。風塵の乱舞する戦場で、少年は何を見るのか……！

東西を結ぶ陸路の中心地・エクバターナを王都に掲げ、各地からの人や物資、そして豊かな文化が集まる強国パルス。 この国の王太子として生まれた少年・アルスラーンは、幸福のうちに国を引き継ぐはずだった。 土煙が舞う平原に、パルスの誇る騎馬隊が葬り去られるその日までは……。 パルスの豊かな領土を狙って、異教徒の国・ルシタニアが侵攻を開始。 初めて直面する本物の戦いに、不安を隠しきれない“気弱な”王太子・アルスラーン。 彼の不安が的中したかのように、戦場には不穏な空気が渦巻き始める。 敵の策略にはまり、これまでにない脅威を感じるパルス軍と、混乱する戦況に翻弄されるアルスラーンの父王であるアンドラゴラス三世……。 駆けつけた「戦士の中の戦士（マルダーンフ・マルダーン）」の異名を持つ騎士・ダリューンとともに、次々と襲いかかる敵、そして過酷な運命へと立ち向かうアルスラーン。 運命という名の嵐が吹き荒れるなか、彼は信頼できる仲間たちとともに“王太子”として最初の一歩を踏み出す！