全国のお笑いを目指す若者たちの甲子園「てっぺんグランプリ」。女子高生お笑いトリオ「ヤングワイワイ」の阪本やよい・高橋よもぎ・細野ゆずは、各地の予選を勝ち抜いた4組のお笑いトリオたちとともに、本選出場の座をかけ、様々な試練に挑戦する！これは、お笑いの《てっぺん》を目指す15人の少女たちのひと夏の青春ストーリー!!

神の力を以ってして、神そのものを討ち斃さんとした原初のヒトガタ、アダム・ヴァイスハウプトは、サンジェルマンたちの理想の源（※「理想の源」にルビで「パワーソース」）であるラピス・フィロソフィカスにて黄金錬成されたシンフォギアが撃槍。 暗躍してきたパヴァリア光明結社はここに瓦解し、その残党は、各国機関の活躍によって追い詰められていくのであった。 そして—— 追い詰められているのはパヴァリア光明結社だけではない。 かつての超大国アメリカもまた、日本に向けた反応兵器の発射事実を非難・追及され、国際社会からの孤立を招いていた。 閉塞した状況は、新たな世界規模闘争の火種にもなりかねないため、速やかなる政治的解決が望まれているが、複雑に絡む国家間の思惑は軋みをあげるばかりで、遅々として進んでいない。 当該国である日本も、アメリカとの協調政策を打ち出して関係修復をアピールしているものの、どこかうすら寒い表面的なムードに終始して、局面打開には至っていない。 いまだ見えない世界の行く末。 さらに、張りつめた空気はここにも。 都内ランドマーク各所が一望できる、デートスポットとしても人気の大観覧車のゴンドラに乗っているのは、私立リディアン音楽院に通う高校生、立花 響と小日向 未来。 ふたりが手にした鯛焼きは白玉入りであり、絶品。 甘すぎず、まるでぜんざいもかくやという口当たりの餡は申し分が無かった。 それでも、ふたりの間に緊張が走るのは、何の気なしに未来が響に発した、問い掛けに始まるものであった。 返答に窮した響の胸の奥にあるものは、果たして。 過去から現在に向けて紡がれたいくつもの物語は、ＸＶに集束していく。 聖骸を巡る攻防は、どこまでも真夏の只中。 はじける湖面を舞台に、少女たちの歌声が輝きを放つ。

ワールドデストラクターである「チフォージュ・シャトー」を駆使した、錬金術師キャロルによる世界解剖計画―― 通称「魔法少女事変」の阻止から数週間後。 シンフォギア装者たちを苦しめ、一度ならず敗退へと追い詰めた「アルカ・ノイズ」の脅威は世界各地に蔓延していた。 時おかずして発生する次なる事件に、何かしらの関連性を疑いつつ鎮圧にあたる装者たち。 熱帯夜に遭遇したのは、通常物理法則の埒外にある怪物「ヨナルデパズトーリ」と、 怪物を「神の力」と呼び、自在に使役する三人の錬金術師「サンジェルマン」「プレラーティ」「カリオストロ」であった。 錬金術師たちが属する秘密組織「パヴァリア光明結社」は、これまでにシンフォギア装者たちが乗り越えてきた騒乱に関わってきたばかりか、 人類史の裏側に暗躍してきた恐るべき敵対勢力である。 ついに顕現、そして強襲するかつてない脅威に戦慄を隠せないシンフォギア装者たち。 人知れず奪われた聖遺物「アンティキティラの歯車」は、無邪気な瞳のホロスコープに巨大な陰謀を映し出すのであった。