主人公アオは、沖縄・磐戸島で老医師トシオと共に暮らしていた。行方不明の母を探す旅に出るために密漁で小銭を稼ぐ日々を過ごすアオ。そこにある日、一台のＦＰ（Flying Platform、小型の空中移動体）が不時着する。ＦＰを運転していたのは日本軍の依頼を受けた運び屋、ガゼル。アオはガゼルの積み荷から、ブレスレットを手に入れる。 その時、島にスカブコーラルが現れ、それを狙って現れる謎のモンスター“シークレット”の攻撃が始まった。磐戸島は、沖縄諸島連合と中国、日本が領有権を争う政治的なスポット。シークレットを排除するため民間企業「ゲネラシオン・ブル」のＩＦＯ部隊「チーム・パイドパイパー」に出動依頼がくだる。 アオはブレスレットに導かれるように、日本軍所有のＩＦＯ、ニルヴァーシュに乗り込んでしまう。これまで誰も起動できなかったニルヴァーシュが稼働したのは、10年前の“あの事件”以来だった。 ニルヴァーシュと出会ったアオは、チーム・パイドパイパーのＩＦＯとともにシークレットと戦うことになる。「後悔したくないから」と覚悟を決めたアオ。それは過去を知り、未来を切り開くアオの旅の始まりとなる――。"

警視庁で「神の頭脳」と謳われながら、突如姿を消した兄。主人公･鳴海歩は、兄にも負けない頭脳を生かし、周囲で起こる事件に挑んでゆく。しかしそれは、「ブレード･チルドレン」と呼ばれる少年少女達と、そして、兄･鳴海清隆をめぐる謎の序章にすぎなかった…。スクウェア･エニックス「ガンガンコミックス」の大人気推理サスペンスをアニメ化。

西暦2167年、地球は超新星爆発による巨大な 電磁波と放射線のうねりに飲み込まれ、 大きな被害に見舞われました。 世界中の人たちが協力して立ち向かいまし た・・・昔の皆さん、ありがとう。 地球は元気です。私もなんとか元気です、今 は西暦2356年・・・ そして、私たちは来たんです。そうステル ヴィアに・・・ ここから私たちの道のりは、星の道のりは始 まろうとしています・・・

時は22世紀。木星から現れた謎の侵略者達の 脅威が地球に迫った時、民間企業のネルガル 重工は、独自に大型新造戦艦・ナデシコを建 造した。 テンカワ・アキトは、幼い頃会った覚えのあ る少女を追って、機動戦艦ナデシコに出会う。 ミスマル・ユリカとともに、木星からの侵略 者と闘う事になったアキトと地球の運命は？