エインズワースとの激闘からひと時の休息。 美遊を救出したイリヤたちは、平行世界の衛宮士郎から美遊の過去、 この世界で起きた聖杯戦争のことを知らされる。 それは美遊の悲しい運命であり、美遊のために兄・士郎が 命を賭して歩んだ壮絶な戦いの物語だった。 人類の救済のために美遊を犠牲にするエインズワース。 美遊のために世界の敵となると決めた士郎。 相容れない２つの正義に、すべてを守ると誓うイリヤ。 「助けるよ。私はみんなが助かる道を探すって決めたから！」 大切な人たちと笑いあえる明日を作るために――。 魔法少女たちの戦いが、再びはじまる……！

「話をしようと思う。俺と、美遊の……これまでの話を」 世界は滅びに向かって進んでいた。その歩みを止められるのは、〝聖杯〟たる美遊の犠牲のみ。世界か、美遊か——。 〝世界の救済〟を掲げるエインズワースが突きつけられた問いに対し、イリヤが出した答えは、両方救うという単純な〝ワガママ〟だった。 戦いは小休止を迎え、一行は美遊と士郎が育った家に身を寄せる。団らんのなか、士郎は、美遊との過去を話し始めた。あらゆる願いを無差別に叶える神稚児だった美遊。 士郎は、切嗣と暮らしていた家に、身寄りのない彼女を引き取った。それから、5年。二人は本当の兄妹のように平穏な暮らしを送ってきた。 しかし、そんな日常は突如として終わりを告げる。美遊の生家へと訪れた二人。その前に、美遊を“奇跡”として希求する樹里庵が姿を現し——。 美遊と士郎、エインズワースの因縁が、ここに語られる。