新たな劇場版シリーズの第4部であり、完結編。ミサトの率いる反ネルフ組織ヴィレは、コア化で赤く染まったパリ旧市街にいた。旗艦AAAヴンダーから選抜隊が降下し、残された封印柱に取りつく。復元オペの作業可能時間はわずか720秒。決死の作戦遂行中、ネルフのEVAが大群で接近し、マリの改8号機が迎撃を開始した。一方、シンジ、アスカ、アヤナミレイ（仮称）の3人は日本の大地をさまよい歩いていた……。

アスカのEVA改2号機とマリのEVA8号機は、静止衛星軌道上で“US作戦”を実行していた。円盤状のEVA Mark.04と激戦の末、初号機とシンジを奪いとるミッションだ。ようやく目ざめたシンジの前には、思いがけない知人らの姿があった。そこは14年の歳月がたっており、ミサトやリツコら元ネルフの職員は、新たなクルーを加えて反ネルフ組織“ヴィレ”を結成していた。戦艦AAAヴンダーを起動し、襲撃してきたEVA Mark.04の群れを退けた“ヴィレ”。初号機から復活できたのはシンジひとりで、綾波レイは発見されなかった。だがEVA Mark.09がシンジ奪還のため急襲をしかけ、レイの声を聞いたシンジはヴンダーから去って、ネルフ本部へと向かった。 　ゲンドウからEVA13号機に乗れと指示されるシンジ。謎めいた少年・渚カヲルに導かれ、変わり果てた大地の姿を見たシンジは、何が起きたのかを聞かされる。レイを救済したことをきっかけに“ニア・サードインパクト”が起き、地球に甚大な被害を与えていたのだった。重大な責任を感じて傷ついたシンジの心は、はたして救われるのだろうか。

ツツジ台に住む高校1年生の響裕太は、ある日目覚めると記憶喪失になっていた。 そして裕太は古いパソコンに映る『ハイパーエージェント・グリッドマン』と出会う。 グリッドマンは使命を果たせと語りかけ、裕太はその言葉の意味と記憶を探し始める。 突然の事に戸惑いつつも、クラスメイトの内海将や宝多六花、新条アカネたちに 助けられながら毎日を送る裕太だった。が、 その平穏な日々は、突然現れた怪獣によって容易く踏みつぶされた――

パリの貴族の家に生まれたアルベールは、退 屈な日常を脱するために、親友のフランツと 旅に出た。月面都市ルナで、出会ったのは、 モンテ・クリスト伯爵という大富豪。傍らに は絶世の美女、後ろには屈強な部下を従え、 ルナ一番の高級ホテルで優雅に暮らすその 姿。伯爵のミステリアスな魅力にすっかり心 酔したアルベールは、伯爵をパリの社交界へ 迎え入れる。しかし、アルベールはまだ知ら ない。伯爵の真の目的は、その昔、自分に無 実の罪を着せ、フィアンセを奪ったアルベー ルの父と、フィアンセであった母への復讐で あることを。そして、その間に生まれた自分 自身も、復讐の標的であるということを―――。

産業革命時代の雰囲気を色濃く残した世界、 プレステール。 そこに住むクラウス・ヴァルカ（15歳）は、 父の残したヴァンシップ（小型飛行艇）を 使って、幼なじみのラヴィ・ヘッド（15歳） とともに空の運び屋をしていた。 彼らの夢は、父達が越えることのできなかっ た、はるか上空の巨大な嵐・グランドスト リームを越えること。だがある日、謎めいた 少女アルヴィス・ハミルトン（11歳）を空中 戦艦シルヴァーナに送り届ける依頼を受け継 いだことから、彼らは、世界を揺るがす戦い に巻きこまれてゆく。 大いなる風と雲の海が広がる世界、プレス テール。 はるか上空を吹き荒れる巨大な嵐、グランド ストリーム。 プレステール上で対峙する二大国家、アナト レーとデュシス。 いま、激動と波乱の物語の幕が開ける！