幕末の動乱の時代､｢人斬り抜刀斎｣と呼ばれ恐れられた伝説の維新志士がいた－。明治11年､東京の下町に姿を現したその男は､腰の逆刃刀に不殺(ころさず)を誓う流浪人(るろうに)･緋村剣心となって､人々の幸せを守るため闘い続けていた。そんなある日､横浜を訪れた剣心は､元会津藩士･時雨滝魅と出会う。幕末そして明治を生きる剣客としてお互いに共鳴しあった二人にとって､遠い過去の因縁など知る由もなかった。時雨は､幕末に命を散らした者達の遺志を継ぎ､明治政府に不満を持つ者達を集め反乱を起こす。戦闘の最中､“新･維新”なる維新の再来を宣言する時雨の前に､剣心の逆刃刀が立ちはだかる！剣心の｢飛天御剣流｣と時雨の｢斎鬼鹿沼流｣ 最強の刃の壮絶なぶつかり合いが､二人の過去の因縁を呼び醒ます！

不殺を誓う流浪人・緋村剣心は、明治11年、東京で神谷薫と出会う。 ニセ抜刀斎事件が縁で神谷道場に居候することになったが、御庭番衆や刃衛など幕末を生きた修羅たちが次々と剣心に襲いかかり…!?

“神の国”建国をもくろむ天草翔伍、勝海舟の命を狙う紅葵、神秘の霊薬で世界征服の野望を抱く黒騎士団。 東京壊滅計画を企てる水一族・霊水との死闘を描いた、ＴＶ版オリジナル４大ストーリー。

国盗りをもくろむ志々雄真実が動き始めた!!　剣心たちは志々雄一派を阻止するべく京都へ向かう。 一方、最強の剣客たち・十本刀が志々雄の元に集結！　激動の京都を舞台に今、決闘の幕が開く!!

激闘の日々から15年。 剣心は山県有朋に懇望され、戦が勃発した大陸へ渡っていた。 剣客生命はすでに絶たれ、そのうえ不治の病に苦悶する剣心。 最後の力をふり絞り、最愛の妻・薫の待つ日本へ…。