ここは、空に多くの島が漂う、空の世界。 神秘を奉る島ザンクティンゼルに暮らす少年・グランと一緒に暮らす相棒のビィは、ある日、空から落ちてきた少女・ルリアと出会う。ルリアは、この空の世界を強大な軍事力によって支配しようとする軍事国家・エルステ帝国から逃れてきたのだった。 グランとルリアは、帝国から逃れるため、そしてグランの父が残した「星の島イスタルシアで待つ」という手紙を手に、壮大な空へと旅立つ。